La modelitzaciò numèrica del flux d'aigua subterrània i del transport de massa s'està convertint en un criteri de referència en l'actualitat per a l'avaluació de recursos hídrics i la protecció del medi ambient. Perquè les prediccions dels models siguen fiables, aquests deuen estar el més pròxim a la realitat que siga possible. Aquesta proximitat s'obté amb els mètodes inversos, que persegueixen la integració dels paràmetres mesurats i dels estats del sistema observats en la caracterització de l'aqüífer. S'han proposat diversos mètodes per a resoldre el problema invers en les últimes dècades que es discuteixen en la tesi. El punt principal d'aquesta tesi és proposar dos mètodes inversos estocàstics per a l'estimació dels paràmetres del model, quan aquests no es poden descriure amb una distribució gausiana, per exemple, les conductivitats hidràuliques mitjançant la integració d'observacions de l'estat del sistema, que, en general, tindran una relació no lineal amb els paràmetres, per exemple, les altures piezomètriques. El primer mètode és el filtre de Kalman de conjunts amb transformació normal (NS-EnKF) construït sobre la base del filtre de Kalman de conjunts estàndard (EnKF). El EnKF és molt utilitzat com una tècnica d'assimilació de dades en temps real a causa dels seus avantatges, com són l'eficiència i la capacitat de còmput per a avaluar la incertesa del model. No obstant açò, se sap que aquest filtre només treballa de manera òptima quan els paràmetres del model i les variables d'estat segueixen distribucions multigausianes. Per a ampliar l'aplicació de l'EnKF a vectors d'estat no gausians, tals com els dels aqüífers en formacions fluvio-deltaiques, el NS-EnKF proposa aplicar una transformació gausiana univariada. El vector d'estat augmentat format pels paràmetres del model i les variables d'estat es transformen en variables amb una distribució marginal gausiana. Aquests vectors transformats serveixen d'entrada a l'EnKF, que ara opera en variables la distribució marginal dels quals és gausiana. Els vectors actualitzats resultants acaben transformant-se a l'espai original. L'eficàcia del mètode proposat s'avalua en un aqüífer sintètic amb conductivitats que segueixen una distribució bimodal, on el NS-EnKF produeix millors resultats que el EnKF quant a la caracterització de l'estructura bimodal de la conductivitat hidràulica i les prediccions posteriors de flux i transport. El segon mètode és un mètode invers basat en patrons de recerca (PSINV), és un nou mètode invers que va més enllà de la minimització d'una funció objectiu. Els paràmetres del model se simulen mitjançant la recerca de patrons en els quals s'inclouen paràmetres i variables d'estat disposats en plantilles preestablides. Les característiques més atractives del mètode proposat, PSINV, són que (i) els paràmetres estimats no han de seguir necessàriament una distribució normal, evitant els problemes associats amb la distribució multigausiana, tals com la falta de connectivitat en els valors extrems, (ii) l'heterogeneïtat del model i la relació entre els paràmetres del model i les variables d'estat es modelen usant la geoestadística multipunt, la qual cosa fa possible l'aplicació del mètode en aqüífers altament heterogenis i amb geometries complexes. El mètode es va avaluar en un dipòsit sintètic compost d'arena i pissarra.