Un alimento puede ser considerado como funcional si se demuestra que afecta beneficiosamente a una o más funciones del organismo, más allá de los efectos nutricionales esperados, de manera que sea relevante para mejorar el estado de salud y de bienestar y/o para reducir el riesgo de enfermedad. 
       Los probióticos se incluyen dentro de los alimentos funcionales y la FAO los define como “microorganismos vivos que, administrados en cantidades adecuadas, ejercen un efecto beneficioso sobre el huésped”.
       Aunque es difícil precisar cuáles son las características más deseables que un microorganismo debe presentar para ser buen probiótico, los requisitos mínimos son: estar definido a nivel de género, especie y cepa; la cepa debe depositarse en una colección de cultivos internacional; deben realizarse evaluaciones in vitro y en animales para lograr un mejor entendimiento de los atributos fisiológicos de la cepa; antes de su uso, la seguridad de la cepa debe haber sido totalmente considerada; deben realizarse estudios controlados para documentar un beneficio para la salud; debe evaluarse su aptitud para mantener al probiótico vivo en los niveles requeridos hasta el final de la vida útil.
       El empleo de productos lácteos funcionales permite combinar alimentos de amplio uso, aceptabilidad y tolerancia, con moléculas biológicamente activas. Varias especies de lactobacilos y bifidobacterias combinadas (o no) con Streptococcus thermophilus son las principales bacterias usadas como probióticos en yogures y otros productos lácteos fermentados. 
       Sin embargo, para que los microorganismos probióticos ejerzan su efecto beneficioso sobre el huésped, han de encontrarse en proporciones elevadas en el producto y ser capaces de sobrevivir en suficiente cantidad al tránsito gastrointestinal.
       A mediados de los años 90, una importante marca comercial, se planteó entrar en el mercado de los yogures mediante el lanzamiento de un producto lácteo tratado térmicamente tras la fermentación que podía conservarse sin frío durante tres meses. Además, esta empresa defendía que su postre tenía el mismo efecto que el yogur tradicional puesto que los microorganismos vivos de éste no lograban llegar al intestino. Inició una larga ofensiva denominada en su día como la "guerra del yogur" con el objetivo de que la Administración española permitiera calificar su producto como yogur.
       En este contexto, se ha producido una cierta discrepancia entre diferentes líneas de investigación a la hora de afirmar los efectos beneficiosos del yogur tradicional. Algunas de ellas aseguran que sus bacterias no son capaces de sobrevivir al tracto gastrointestinal mientras que otras afirman lo contrario. 
       En base a lo anteriormente expuesto, en este trabajo se planteó desarrollar métodos rápidos alternativos a los tradicionales de cultivo para estudiar las posibles propiedades como probióticos de las bacterias contenidas en diferentes productos lácteos. Se procedió, en primer lugar, al aislamiento, identificación y caracterización molecular de las bacterias lácticas (Lactobacillus delbrueckii subsp bulgaricus y Streptococcus thermophilus) presentes en yogures de 11 marcas comerciales. A continuación, se realizó la puesta a punto de las técnicas de PCR y FISH para la detección de ambos microorganismos. Se desarrolló la técnica DVC-FISH para la detección de células viables de Lactobacillus delbrueckii subsp bulgaricus y Streptococcus thermophilus que permitió determinar la resistencia de las cepas in vitro a los jugos gastrointestinales, demostrando la variabilidad de la misma a nivel de cepa. Finalmente, se hizo un estudio in vivo de la supervivencia al tracto gastrointestinal de las cepas de BAL de uno de los yogures comenrciales mediante la aplicación de los protocolos desarrollados en muestras de heces, estudiando la evolución de la microbiota intestinal a lo largo del ensayo. Este ensayo permitió demostrar la presencia Streptococcus thermophilus viables en las heces tras la ingesta de producto.
       La técnica DVC-FISH se mostró como el método más rápido y eficaz para la determinación de la viabilidad de LAB en matrices complejas como las heces humanas. Asimismo, se observó mediante cultivo que el consumo de yogur durante un periodo determinado produce un aumento de la microbiota endógena de lactobacilos así como una disminución de la población de enterobacterias.