Un aliment pot ser considerat com funcional si es demostra que afecta beneficiosament una o més funcions de l'organisme, més enllà dels efectes nutricionals esperats, de manera que siga rellevant per a millorar l'estat de salut i de benestar i/o per a reduir el risc de malaltia. Els probiòtics s'inclouen dins dels aliments funcionals i la FAO els definix com “microorganismes vius que, administrats en quantitats adequades, exercixen un efecte beneficiós sobre l'hoste”. Encara que és difícil precisar quines són les característiques més desitjables que un microorganisme ha de presentar per a ser bon probiòtic, els requisits mínims són: estar definit a nivell de gènere, espècie i cep; la cep ha de depositar-se en una col·lecció de cultius internacional; han de realitzar-se avaluacions in vitro i en animals per a aconseguir un millor enteniment dels atributs fisiològics del cep; abans del seu ús, la seguretat del cep ha d'haver sigut totalment considerada; han de realitzar-se estudis controlats per a documentar un benefici per a la salut; ha d'avaluar-se la seua aptitud per a mantindre al probiòtic viu en els nivells requerits fins al final de la vida útil. L'ocupació de productes lactis funcionals permet combinar aliments d'ampli ús, acceptabilitat i tolerància, amb molècules biològicament actives. Diverses espècies de lactobacils i bifidobacteris combinades (o no) amb Streptococcus thermophilus són els principals bacteris usats com probiòtics en iogurts i altres productes lactis fermentats. No obstant, perquè els microorganismes probiòtics exercisquen el seu efecte beneficiós sobre l'hoste, han de trobar-se en proporcions elevades en el producte i ser capaços de sobreviure en suficient quantitat al trànsit gastrointestinal. A mitjan dels anys 90, una important marca comercial, es va plantejar entrar en el mercat dels iogurts per mitjà del llançament d'un producte lacti tractat tèrmicament després de la fermentació que podia conservar-se sense fred durant tres mesos. A més, esta empresa defenia que el seu postres tenia el mateix efecte que el iogurt tradicional ja que els microorganismes vius d'este no aconseguien arribar a l'intestí. Va iniciar una llarga ofensiva denominada en el seu dia com la "guerra del iogurt" amb l'objectiu que l'Administració espanyola permetera qualificar el seu producte com a iogurt. En este context, s'ha produït una certa discrepància entre diferents línies d'investigació a l'hora d'afirmar els efectes beneficiosos del iogurt tradicional. Algunes d'elles asseguren que els seus bacteris no són capaços de sobreviure al tracte gastrointestinal mentres que altres afirmen el contrari. Basant-se en l'anteriorment exposat, en este treball es va plantejar desenvolupar mètodes ràpids alternatius als tradicionals de cultiu per a estudiar les possibles propietats com probiòtics dels bacteris continguts en diferents productes lactis. Es va procedir, en primer lloc, a l'aïllament, identificació i caracterització molecular dels bacteris làctics (Lactobacillus delbrueckii subsp bulgaricus i Streptococcus thermophilus) presents en iogurts d'11 marques comercials. A continuació, es va realitzar la posada al punt de les tècniques de PCR i FISH per a la detecció d'ambdós microorganismes. Es va desenvolupar la tècnica DVC-FISH per a la detecció de cèl·lules viables de Lactobacillus delbrueckii subsp bulgaricus i Streptococcus thermophilus que va permetre determinar la resistència dels ceps in vitro als sucs gastrointestinals, demostrant la variabilitat de la mateixa a nivell de cep. Finalment, es va fer un estudi in vivo de la supervivència al tracte gastrointestinal dels ceps de BAL del iogurt per mitjà de l'aplicació dels protocols desenvolupats en mostres d'excrements, estudiant l'evolució de la microbiota intestinal al llarg de l'assaig. Este assaig va permetre demostrar la presència de Streptococcus thermophilus viables en les excrements després de la ingesta de producte. La tècnica DVC-FISH es va mostrar com el mètode més ràpid i eficaç per a la determinació de la viabilitat de LAB en matrius complexes com les excrements humanes. Així mateix, es va observar per mitjà de cultiu que el consum de iogurt durant un període determinat produïx un augment de la microbiota endògena de lactobacils així com una disminució de la població d'enterobacteris.