RESUMEN Las aguas costeras y estuarinas se caracterizan por una gran variabilidad, espacial y temporal, en sus características hidrológicas, físicas y químicas, que se refleja en la complejidad de la dinámica de sus comunidades fitoplanctónicas. Además, las zonas costeras están sometidas a una elevada presión antrópica, cuyo principal efecto es el aumento de los aportes de nutrientes de origen terrestre a las aguas receptoras, en las que puede llegar a provocar problemas de eutrofización. El objetivo de esta tesis es caracterizar la variabilidad espacial de las comunidades fitoplanctónicas en aguas costeras y de transición caracterizadas por distintas fuentes de entrada de nutrientes. Obtener información sobre el funcionamiento de estos ecosistemas es necesario para orientar las medidas de gestión necesarias para mejorar la calidad de sus aguas. En la presente tesis se realiza la clasificación taxonómica del fitoplancton con el software CHEMTAX a partir de las concentraciones de pigmentos fotosintéticos halladas por cromatografía líquida de alta resolución en muestras de aguas costeras. Frente a las técnicas tradicionales de microscopía, esta metodología presenta una serie de ventajas entre las que cabe destacar el menor coste, la mayor rapidez y precisión. Además, se realiza una primera aproximación al uso de imágenes de satélite de alta resolución espacial, para estimar los niveles de clorofila a, parámetro indicador de la biomasa fitoplanctónica. La principal ventaja de esta técnica es que permite obtener una visión sinóptica de una determinada zona de estudio que no es posible obtener con las técnicas tradicionales de muestreo. Las características que presentan estas técnicas hacen de ellas buenas candidatas para las exigencias de monitoreo de la Directiva Marco del Agua. Los resultados de esta tesis indican que los principales problemas de calidad de aguas se dan en las áreas con un menor intercambio y dilución con el mar. En la presente tesis estas áreas están representadas por el Puerto de Gandía y la zona próxima a la desembocadura del río Serpis. Entre las recomendaciones para mejorar el estado de estos sistemas cabe destacar el control de las descargas ilegales de aguas residuales y perseguir el cumplimiento de las buenas prácticas agrícolas.