RESUM Les aigües costaneres i els estuaris se caracteritzen per una gran variabilitat, espacial i temporal, en les seues característiques hidrològiques, físiques i químiques, que se reflecteix en la complexitat de la dinàmica de les seues comunitats fitoplanctòniques. A més, les zones costaneres estan sotmeses a una elevada pressió antròpica, el principal efecte de la qual és l’augment dels aportaments de nutrients d’origen terrestre a les aigües receptores, en les que pot arribar a provocar problemes d’eutrofització. L’objectiu d’aquesta tesis és caracteritzar la variabilitat espacial de les comunitats fitoplanctòniques en aigües costaneres i de transició caracteritzades per distintes fonts d’entrada de nutrients. Obtenir informació sobre el funcionament d’aquests ecosistemes és necessari per a orientar les mesures de gestió necessàries per a millorar la qualitat de les seues aigües. En la present tesis se realitza la classificació taxonòmica del fitoplàncton en el software CHEMTAX a partir de les concentracions de pigments fotosintètics mesurats per cromatografia líquida d’alta resolució en mostres d’aigües costaneres. Front a les tècniques tradicionals de microscòpia, aquesta metodologia presenta una sèrie d’avantatges entre els que cal destacar el menor cost, la major rapidesa i precisió. A més, se realitza una primera aproximació a la utilització d’imatges de satèl•lit d’alta resolució espacial, per a estimar els nivells de clorofil•la a, paràmetre indicador de la biomassa fitoplanctònica. El principal avantatge d’aquesta tècnica és que permet obtenir una visió sinòptica d’una determinada zona d’estudi que no és possible obtenir en les tècniques tradicionals de mostreig. Les característiques que presenten aquestes tècniques fan d’elles bones candidates per a les exigències de monitoratge de la Directiva Marc de l’Aigua. Els resultats d’aquesta tesis indiquen que els principals problemes de qualitat d’aigües tenen lloc en les àrees en un menor intercanvi i dilució en la mar. En la present tesis aquestes àrees estan representades pel Port de Gandia i la zona pròxima a la desembocadura del riu Serpis. Entre les recomanacions per a millorar l’estat d’aquests sistemes cal destacar el control de les descàrregues il•legals d’aigües residuals i perseguir el compliment de les bones pràctiques agrícoles.