La capacitat de les hormones vegetals, fonamentalment auxines i giberelines, d'induir el desenvolupament del fruit de la tomata és ben coneguda i utilitzada des de fa temps i implica la seva intervenció com a elements de senyalització que actuen entre el procés de fertilització i el posterior desenvolupament del fruit.
A fi d'esbrinar quins gens estan involucrats en el procés de formació del fruit de la tomata mediat per hormones, es va realitzar un anàlisi transcriptòmic comparatiu del desenvolupament primerenc tant de fruits fertilitzats, com d'ovaris induïts a fructificar mitjançant tractament hormonal. L'anàlisi dels resultats va revelar que els transcriptomes presenten les majors diferències en els primers dies després de la inducció, probablement a causa de la major rapidesa de les auxines a estimular la fructificació. Posteriorment, els transcriptomes es van apropant gradualment entre ells amb independència de l'estímul hormonal inductor. L'estudi va revelar que hi ha elements que configuren els programes de desenvolupament del fruit tant en una component general independent de l'agent inductor, com en la component específica de l'hormona. A més, en el cas específic de giberelines, l'estudi transcripcional de fruits silenciats en el gen SlDELLA va mostrar que aquest repressor controla almenys una part de la resposta transcripcional a aquesta hormona en el fruit. Aquesta resposta sembla incloure una sèrie de mecanismes de defensa que s'activen en els ovaris al voltant de l’antesi. D'altra banda, l'estudi transcriptòmic i metabolòmic del pericarp dels fruits induïts per tractament hormonal en fase de maduració va revelar que l'efecte del tractament hormonal inductor afecta l'expressió de gens relacionats amb la síntesi d'etilè com els que codifiquen l'expressió de ACC sintasa i ACC oxidases i dóna lloc a fruits amb alteracions importants en l'expressió de gens del metabolisme de sucres com els que codifiquen la sacarosa sintasa i diversos enzims de la glicòlisi.
A més, i per tal d'ampliar el rang d'eines disponibles per a enginyeria genètica en fruits, es va aprofitar l'anàlisi de micromatrius per identificar gens d'expressió específica en l'ovari/fruit i es van clonar les seues seqüències promotores. Així es va poder construir una col lecció de vectors Gateway pENFRUIT amb els quals poder dirigir l'expressió o el silenciament d'un gen de manera específica en diferents fases del desenvolupament del fruit de la tomata.
Una de les seqüències promotores aïllades, PFF (3232 pb), va mostrar un perfil d'activitat bifàsic durant el desenvolupament del fruit: un pic d'activitat al principi de la fase III i un altre a la fase IV. El patró espacial puntejat en aquesta última fase d'activitat, va suggerir l'existència d'un tipus cel lular (PPF (+)) o estadi transitori específic associat a l'activitat del promotor PFF. L'anàlisi transcriptòmic de protoplasts PFF (+), va revelar que aquest tipus cel lular o estadi transcriptòmic, es defineix per un programa d'expressió gènica caracteritzat per una major expressió de gens relacionats amb la síntesi o aprofitament de sacarosa, i per una menor activitat de síntesi de proteïnes i remodelació de la cromatina.