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Browsing by Author "Tarazona Campos, Sonia"

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A multi-omic study for uncovering molecular mechanisms associated with hyperammonemia-induced cerebellar function impairment in rats

Tarazona, Sonia; Carmona, Héctor; Conesa, Ana; Llansola, Marta; Felipo, Vicente (Springer-Verlag, 2021-02)

[EN] Patients with liver cirrhosis may develop covert or minimal hepatic encephalopathy (MHE). Hyperammonemia (HA) and peripheral inflammation play synergistic roles in inducing the cognitive and motor alterations in MHE. ...
A Nextflow pipeline for T-cell receptor repertoire reconstruction and analysis from RNA sequencing data

Rubio, Teresa; Chernigovskaya, Maria; Marquez, Susanna; Marti, Cristina; Izquierdo-Altarejos, Paula; Urios, Amparo; Montoliu, Carmina; Felipo, Vicente; Conesa, Ana; Greiff, Victor; Tarazona, Sonia (Elsevier B.V., 2022-03-12)

[EN] T-cell receptor (TCR) analysis is relevant for the study of immune system diseases. The expression of TCRs is usually measured with targeted sequencing approaches where TCR genes are selectively amplified. However, ...
A survey of best practices for RNA-seq data analysis

Conesa, Ana; Madrigal, Pedro; Tarazona Campos, Sonia; Gómez Cabrero, David; Cervera, Alejandra; McPherson, Andrew; Wojciech Szczesniak, Michal; Gaffney, Daniel J.; Elo, Laura L.; Zhang, Xuegong; Mortazavi, Ali (BioMed Central, 2016-01)

[EN] RNA-sequencing (RNA-seq) has a wide variety of applications, but no single analysis pipeline can be used in all cases. We review all of the major steps in RNA-seq data analysis, including experimental design, quality ...
acorde unravels functionally interpretable networks of isoform co-usage from single cell data

Arzalluz-Luque, Ángeles; Salguero-García, Pedro; Tarazona, Sonia; Conesa, Ana (Nature Publishing Group, 2022-04-05)

[EN] Alternative splicing (AS) is a highly-regulated post-transcriptional mechanism known to modulate isoform expression within genes and contribute to cell-type identity. However, the extent to which alternative isoforms ...
Análisis de datos de microbioma para la predicción y caracterización de enfermedades

Nieto Romero, María Camila (Universitat Politècnica de València, 2023-04-21)

[ES] El microbioma humano constituye el conjunto de microorganismos (bacterias, arqueas, virus, hongos y protistas) que están en nuestro cuerpo, y se ha demostrado en múltiples investigaciones el rol fundamental que tiene ...
Análisis de datos ómicos para determinar diferencias entre nacimientos prematuros y a término a partir de exosomas de leche materna

Porlán Miñarro, Antonio (Universitat Politècnica de València, 2021-10-08)

[ES] El parto prematuro está asociado a resultados adversos en el desarrollo del neonato. En este aspecto, la leche materna y su composición juegan un papel importante en el correcto desarrollo del neonato, ya que es un ...
Análisis de la expresión alternativa de isoformas en el tiempo mediante datos de RNA-seq

Martorell Marugán, Jordi (Universitat Politècnica de València, 2015-09-04)

[ES] Los avances en tecnologías de secuenciación masiva han dado lugar al desarrollo de la transcriptómica por secuenciación, que permite analizar la expresión de genes e isoformas. El laboratorio de Genómica de la Expresión ...
Análisis del estado de la cromatina en el ciclo metabólico de la levadura y su integración estadística con el metabolismo y la expresión génica

Villacampa Fernández, Marina (Universitat Politècnica de València, 2019-09-05)

[ES] Las levaduras en un sistema de crecimiento continuo, de alta densidad y con una concentración de glucosa baja tienen un ciclo robusto de 4-5 horas (ciclo metabólico de la levadura, o YMC del inglés Yeast Metabolic ...
Association Between Sex Hormone Levels and Clinical Outcomes in Patients With COVID-19 Admitted to Hospital: An Observational, Retrospective, Cohort Study

Beltrame, Anna; Salguero-García, Pedro; Rossi, Emanuela; Conesa, Ana; Moro, Lucia; Bettini, Laura Rachele; Rizzi, Eleonora; D Angió, Mariella; Deiana, Michela; Piubelli, Chiara; Rebora, Paola; Duranti, Silvia; Bonfanti, Paolo; Capua, Ilaria; Tarazona, Sonia (Frontiers Media, 2022-01-27)

[EN] Understanding the cause of sex disparities in COVID-19 outcomes is a major challenge. We investigate sex hormone levels and their association with outcomes in COVID-19 patients, stratified by sex and age. This ...
Automatización de procesos en una planta de embalajes

Gimeno Almiñana, Gracia (Universitat Politècnica de València, 2023-09-20)

[ES] En una planta de embalajes se detectan retrasos en la gestión de pedidos. Se observa que la comunicación entre los distintos departamentos encargados del proceso es ineficiente, y hay repetición de información en ...
Clasificación de pacientes de melanoma en grupos etiopatogénicos

Aguerralde Martin, Maider (Universitat Politècnica de València, 2023-01-09)

[ES] Actualmente, el melanoma es el principal causante de muerte por cáncer de la piel. No todos los melanomas se comportan igual, por lo que es de interés disponer de una clasificación de los mismos que permita precisar ...
Comparación de modelos de supervivencia interpretables para datos multi-ómicos de alta dimensionalidad

Alós Maldonado, Raúl (Universitat Politècnica de València, 2023-10-27)

[ES] Los datos multiómicos, esto es, bases de datos de alta dimensionalidad formadas por bloques de variables, comúnmente atribuidos a información biológica y clínica en pacientes, se emplean cada vez más en la investigación ...
Data quality aware analysis of differential expression in RNA-seq with NOISeq R/Bioc package

Tarazona Campos, Sonia; Furió Tarí, Pedro; Turrà, David; Di Pietro, Antonio; Nueda, María José; Ferrer, Alberto; Conesa, Ana (Oxford University Press (OUP), 2015-12-02)

[EN] As the use of RNA-seq has popularized, there is an increasing consciousness of the importance of experimental design, bias removal, accurate quantification and control of false positives for proper data analysis. We ...
Differential expression in RNA-seq: A matter of depth

Tarazona Campos, Sonia; García-Alcalde, Fernando; Dopazo, Joaquín; Ferrer Riquelme, Alberto José; Conesa, Ana (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2011-09-08)

Next-generation sequencing (NGS) technologies are revolutionizing genome research, and in particular, their application to transcriptomics (RNA-seq) is increasingly being used for gene expression profiling as a replacement ...
Dynamic evaluation of neutrophil-to-lymphocyte ratio as prognostic factor in stage III non-small cell lung cancer treated with chemoradiotherapy

Palomar-Abril, V.; Soria-Comes, T.; Tarazona Campos, Sonia; Ureste, M. M.; Giner-Bosch, Vicent; Maiques, I. C. M. (Springer-Verlag, 2020-12)

[EN] Purpose Locally advanced non-small cell lung cancer (LA-NSCLC) is frequently treated with chemoradiotherapy (CRT). Despite the efforts, long-term outcomes are poor, and novel therapies have been introduced to improve ...
Estudio del efecto de la exposición a pesticidas en el neurodesarrollo mediante la integración de datos ómicos

Sánchez Gaya, Víctor (Universitat Politècnica de València, 2017-09-05)

[ES] El enfoque multiómico está ganando terreno en el campo de la biología de sistemas, ya que permite estudiar aspectos complementarios del funcionamiento de un sistema biológico. Sin embargo, la integración de datos ...
Estudio metabolómico en ratas con hiperamonemia crónica. Implicaciones en encefalopatía hepática mínima

Rodríguez Hernández, Zulema (Universitat Politècnica de València, 2021-04-21)

[ES] La hiperamonemia resultante de deficiencias hereditarias de las enzimas del ciclo de la urea o de la insuficiencia hepática crónica, ya sea de etiología alcohólica o no alcohólica, da como resultado un aumento de la ...
Evidence of the Red-Queen hypothesis from accelerated rates of evolution of genes involved in biotic interactions in Pneumocystis

Delaye, Luis; Ruiz Ruiz, Susana; Calderon, Enrique; Tarazona Campos, Sonia; Conesa, A.; Moya, Andrés (Oxford University Press, 2018-06)

[EN] Pneumocystis species are ascomycete fungi adapted to live inside the lungs of mammals. These ascomycetes show extensive stenoxenism, meaning that each species of Pneumocystis infects a single species of host. Here, ...
Feedforward regulation of Myc coordinates lineage-specific with housekeeping gene expression during B cell progenitor cell differentiation

Ferreiros-Vidal, Isabel; Carroll, Thomas; Zhang, Tianyi; Lagani, Vincenzo; Ramirez, Ricardo N.; Ing-Simmons, Elizabeth; Gomez-Valades, Alicia G.; Cooper, Lee; Liang, Ziwei; Papoutsoglou, Georgios; Dharmalingam, Gopuraja; Guo, Ya; Tarazona, Sonia; Fernandes, Sunjay J.; Noori, Peri (Public Library of Science, 2019-04)

[EN] The differentiation of self-renewing progenitor cells requires not only the regulation of lineage- and developmental stage-specific genes but also the coordinated adaptation of housekeeping functions from a metabolically ...
Gene-environment interaction analysis of redox-related metals and genetic variants with plasma metabolic patterns in a general population from Spain: The Hortega Study

Galvez-Fernandez, Marta; Sanchez-Saez, Francisco; Domingo-Relloso, Arce; Rodríguez-Hernández, Zulema; Tarazona, Sonia; Gonzalez-Marrachelli, Vannina; Grau-Perez, Maria; Morales-Tatay, José M.; Amigo, Nuria; Garcia-Barrera, Tamara; Gomez-Ariza, Jose L.; Chaves, F. Javier; Garcia-Garcia, Ana Barbara; Melero, Rebeca; Tellez-Plaza, Maria (Elsevier, 2022-06)

[EN] Background: Limited studies have evaluated the joint influence of redox-related metals and genetic variation on metabolic pathways. We analyzed the association of 11 metals with metabolic patterns, and the interacting ...