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Computational design and designability of gene regulatory networks

RiuNet: Institutional repository of the Polithecnic University of Valencia

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Computational design and designability of gene regulatory networks

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dc.contributor.advisor Elena Fito, Santiago Fco es_ES
dc.contributor.advisor Jaramillo Rosales, Alfonso es_ES
dc.contributor.author Rodrigo Tarrega, Guillermo es_ES
dc.date.accessioned 2011-12-30T11:52:21Z
dc.date.available 2011-12-30T11:52:21Z
dc.date.created 2011-12-19T09:00:00Z es_ES
dc.date.issued 2011-12-30T11:52:08Z es_ES
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10251/14179
dc.description.abstract Nuestro conocimiento de las interacciones moleculares nos ha conducido hoy hacia una perspectiva ingenieril, donde diseños e implementaciones de sistemas artificiales de regulación intentan proporcionar instrucciones fundamentales para la reprogramación celular. Nosotros aquí abordamos el diseño de redes de genes como una forma de profundizar en la comprensión de las regulaciones naturales. También abordamos el problema de la diseñabilidad dada una genoteca de elementos compatibles. Con este fin, aplicamos métodos heuríticos de optimización que implementan rutinas para resolver problemas inversos, así como herramientas de análisis matemático para estudiar la dinámica de la expresión genética. Debido a que la ingeniería de redes de transcripción se ha basado principalmente en el ensamblaje de unos pocos elementos regulatorios usando principios de diseño racional, desarrollamos un marco de diseño computacional para explotar este enfoque. Modelos asociados a genotecas fueron examinados para descubrir el espacio genotípico asociado a un cierto fenotipo. Además, desarrollamos un procedimiento completamente automatizado para diseñar moleculas de ARN no codificante con capacidad regulatoria, basándonos en un modelo fisicoquímico y aprovechando la regulación alostérica. Los circuitos de ARN resultantes implementaban un mecanismo de control post-transcripcional para la expresión de proteínas que podía ser combinado con elementos transcripcionales. También aplicamos los métodos heurísticos para analizar la diseñabilidad de rutas metabólicas. Ciertamente, los métodos de diseño computacional pueden al mismo tiempo aprender de los mecanismos naturales con el fin de explotar sus principios fundamentales. Así, los estudios de estos sistemas nos permiten profundizar en la ingeniería genética. De relevancia, el control integral y las regulaciones incoherentes son estrategias generales que los organismos emplean y que aquí analizamos. es_ES
dc.language Inglés es_ES
dc.rights Reserva de todos los derechos es_ES
dc.source Riunet es_ES
dc.subject Computational design es_ES
dc.subject Designability es_ES
dc.subject Genetics es_ES
dc.subject Regulatory network es_ES
dc.subject Systems biology es_ES
dc.subject Synthetic biology es_ES
dc.title Computational design and designability of gene regulatory networks
dc.type Tesis doctoral es_ES
dc.identifier.doi 10.4995/Thesis/10251/14179 es_ES
dc.rights.accessRights Abierto es_ES
dc.contributor.affiliation Universitat Politècnica de València. Departamento de Biotecnología - Departament de Biotecnologia es_ES
dc.description.bibliographicCitation Rodrigo Tarrega, G. (2011). Computational design and designability of gene regulatory networks [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. doi:10.4995/Thesis/10251/14179. es_ES
dc.description.accrualMethod Palancia es_ES
dc.type.version info:eu-repo/semantics/acceptedVersion es_ES
dc.relation.tesis 3714 es_ES


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