Integración de datos de selección y del transcriptoma para identificar la huella de la domesticación en el genoma porcino

Abstract

[ES] En cerdo, como en otros animales domesticados, la selección ha actuado como fuerza moldeadora que dio origen a cambios en la morfología, productividad, reproducción, comportamiento y adaptabilidad estas especies que dejaron señales en las regiones genómicas seleccionadas. Para comprender la base genética que subyace a estos cambios relacionados al proceso de domesticación es interesante estudiar el perfil transcriptómico, ya que, si bien se ha podido identificar ciertos genes involucrados en el proceso de domesticación mediante datos de secuenciación, se desconoce en qué órganos y tejidos han actuado estos genes. El objetivo de este trabajo es identificar barridos selectivos en el genoma de porcino mediante el uso de datos genómicos y transcriptómicos, enfatizando el estudio en aquellos genes con una expresión tejido-específica. Elucidar los patrones de expresión de genes bajo selección sería esencial para ubicar espacialmente donde actuó la domesticación. En este proyecto de investigación, se planea trabajar con genomas completos de cerdo y jabalí para identificar regiones con huellas de selección. A su vez, se trabajará con datos transcriptómicos disponibles en cerdo, y se calculará la especificidad de cada gen anotado. De esta manera, se generará un panel de genes ubicados en regiones genómicas bajo selección y que tenga un patrón tejido-específico. Este panel de genes se estudiará a detalle, para identificar los más relevantes respecto al proceso de domesticación.

[EN] In pigs, as in other domesticated animals, selection has acted as a molding force that gave rise to changes in the morphology, productivity, reproduction, behavior and adaptability of these species that left signals in the selected genomic regions. To understand the genetic basis underlying these changes related to the domestication process, it is interesting to study the transcriptomic profile, since, although it has been possible to identify certain genes involved in the domestication process through sequencing data, it is not known in which organs and tissues these genes have acted. The objective of this work is to identify selective sweeps in the porcine genome by using genomic and transcriptomic data, emphasizing the study in those genes with a tissue-specific expression. Elucidating the expression patterns of genes under selection would be essential to spatially locate where domestication acted. In this research project, we plan to work with whole genomes of pig and wild boar to identify regions with selection footprints. At the same time, we will work with transcriptomic data available in pigs, and the specificity of each annotated gene will be calculated. In this way, a panel of genes located in genomic regions under selection and having a tissue-specific pattern will be generated. This panel of genes will be studied in detail to identify those most relevant to the domestication process.