RESUM
El meló (Cucumis melo) i la carabasseta (Cucurbita pepo) són espècies cucurbitàcies de gran importància econòmica a nivell nacional i mundial. Per a optimitzar la seua producció es requereix de l´obtenció de noves varietats millor adaptades als sistemes de conreu, més resistents a noves malalties o plagues i amb millors característiques organolèptiques, que responguen a les cada vegada majors exigències del mercat. La millora ha de realitzar-se d´una forma eficient i competitiva, basant-se en els creixents coneiximents genètics en aquestes dues espècies i en els últims avançaments biotecnològics. El desenvolupament de ferramentes genòmiques per a impulsar la millora d´aquests conreus és el principal objectiu de la present Tesi doctoral.
El desenvolupament de marcadors moleculars és essencial per a la construcció de mapes genètics, per a la realització d´una selecció més eficient, per a l´anàlisi i cartografia de QTLs (Quantitative Trait Loci) i per al desenvolupament de línies de premillora, a més de ser una ferramenta fonamental per a l´anàlisi de la biodiversitat. En aquesta Tesi s´han desenvolupat i/o validat marcadors d´alta qualitat, tipus microsatèl.lit (Simple Sequence Repeats, SSRs) i SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), per ambdues espècies. La generació d´informació de seqüència, necessària per al desenvolupament d´aquest tipus de marcadors, ha canviat en el transcurs dels treballs presentats en la Tesi, havent-se abordat finalment  la seqüenciació del transcriptoma de meló mitjançant tècniques de seqüenciació d´alt rendiment (NGS, Next Generation Sequencing). L´obtenció de grans col.leccions de SSRs i SNPs en les dues espècies, resultat de l´acoblament d´ESTs (Expressed Sequence Tags) procedents de seqüències Sanger prèviament disponibles i de les noves seqüències obtingudes per seqüenciació massiva, ha suposat un gran avançament per a aquestes espècies no model, permitint la construcció de mapes més densos en meló i del primer mapa basat en SNPs en carabasseta.
En meló, la caracterització del transcriptoma presentada és, amb 53.252 unigens, dels quals el 63% estan anotats funcionalment amb termes GO, la més completa que existeix. Això ha proporcionat una valuosa informació per a l´anotació del genoma, actualment en fase de publicació. A més, la identificació de més de 3.000 SSRs i 38.000 SNPs, ha suposat el desenvolupament de ferramentes bioinformàtiques per a la sel.lecció de marcadors polimòrfics entre diversos morfotipus d´interés, amb la qual cosa s´obri camí a una nova era en la millora d´aquest conreu.
L´aplicació dels SSRs identificats gràcies a la seqüenciació del transcriptoma de C. pepo ha servit per a localitzar cultivars tradicionals, la riquesa al.lèlica dels quals podria ser explotada amb objectius comercials. A més, ha confirmat l´eficàcia dels EST-SSRs respecte als d´origen genòmic per a estudis de variabilitat. Per una altra banda, la utilització dels primers SNPs identificats per a Cucurbita ha suposat la primera aplicació, amb un 90% d´èxit, d´una plataforma de genotipat massiu, GoldenGate, en aquest gènere. El mapa genètic basat en més de 300 SNPs ha permés cartografiar un ampli conjunt de QTLs relacionats amb la precocitat de la floració, la tendència femenina de la planta, la forma, tamany i coloració del fruit, a més d´altres caràcters que resulten de gran interés per a la millora.
Aleshores, aquests treballs suposen la validació i l´aplicació de marcadors prèviament desenvolupats i la generació de noves ferramentes genòmiques que suposaran l´acceleració del procés de millora d´aquests conreus. El format de la Tesi basat en articles ja publicats pel grup confirma l´interés dels resultats obtinguts.