Resum.
La Directiva Marc de l'Aigua de la UE (2000/60/CE) (en avant, DMA) té com a objectiu establir un marc per la protecció de les aigües superficials continentals, les aigües de transició, les aigües costaneres i les aigües subterrànies, per previndre tot deteriorament addicional i protegir i millorar l'estat dels ecosistemes aquàtics.
L'objectiu final de la DMA és arribar a un bon estat ecològic dels ecosistemes aquàtics per a l'any 2015. Per aconseguir aquest objectiu cal caracteritzar i identificar prèviament la qualitat ecològica de les masses d'aigua mitjançant una sèrie d'elements indicadors de qualitat ecològica, bé siguen biològics, fisicoquímics o hidromorfològics. Una altra de les accions clau és realitzar un exercici d'intercalibratge que assegure que els llindars de les classes ecològiques per als diferents elements indicadors de qualitat es corresponguen amb nivells comparables respecte a l'alteració de l'ecosistema en els diferents llocs a caracteritzar.
Un dels indicadors biològics que la DMA estableix per a determinar l'estat ecològic de les masses d'aigua costaneres és el fitoplàncton. Dins d'aquest hi ha dos aspectes:
•	Composició fitoplanctònica.
•	Biomassa fitoplanctònica (clorofil•la a), apartat on es centra el treball d'aquesta tesi doctoral.
Aquesta tesi tracta d'establir adequadament el model conceptual previ imprescindible per arribar a establir els criteris pertinents per definir les tipologies de les diferents masses d'aigua del Mediterrani, les zones de referència i els llindars per establir les classes d'estat ecològic utilitzant la clorofil•la a com a paràmetre indicador de qualitat.
En primer lloc, s'analitzen les implicacions de la xarxa de mostrejos a l'hora de determinar l'estat tròfic del sistema utilitzant la clorofil•la a com a paràmetre indicador. A l'exercici d'intercalibratge realitzat en el marc de la DMA s'estableix que per al Mediterrani espanyol el factor de conversió per a nearshore:inshore entre els valors del percentil 90 per a la clorofil•la a és 0,5 (definint inshore com la línia de costa i nearshore com la línia situada a una distància de 1500 m respecte a la línia de costa). Els resultats obtinguts en aquesta tesi mostren que a la Comunitat Valenciana, s'observa l'existència d'un gradient negatiu en les concentracions de clorofil•la a, a l'allunyar-nos de la costa i aquesta caiguda és més brusca en el tram més pròxim a la costa, seguint un comportament quasi exponencial. S'ha obtingut, per a les dades de la Comunitat Valenciana, un factor de conversió de 0,31. Per tant la distribució de la xarxa de mostrejos ha d'estar condicionada per l'extensió de la zona d'eutròfia i no pareix adequat utilitzar un valor preestablert per a tot el Mediterrani Occidental.
En segon lloc, es desenvolupa una metodologia per a establir la tipologia de les aigües costaneres de la Comunitat Valenciana. A l'exercici d'intercalibratge realitzat en el marc de la DMA es proposa, per al Mediterrani, l'ús de la salinitat promedi anual com a paràmetre per a definir els tipus d'aigües pelàgiques en relació amb el nivell d'influència continental. L'ús de la salinitat promedi anual dóna lloc a canvis qualitatius en la tipologia d'any en any de diverses masses d'aigua, no obstant la caracterització de les mateixes es realitza utilitzant el percentil 90 de la clorofil•la a d'una sèrie temporal de 5 anys. Açò planteja problemes seriosos a l´hora d´utilitzar la clorofil•la a com a indicador ecològic.  Per obviar aquesta incongruència, s´ha realitzat una anàlisi global del territori i una análisi estadística de classificació jeràrquica amb les dades obtingudes amb el programa de seguiment mensual durant 2 anys. Els resultats d´ambdues análisi coincidiexen amb que, a la Comunitat Valenciana, el cap de Sant Antoni és una línea divisòria on les aigües sota influència continental moderada es troben al nord i les aigües sense influència continental es troben al sud.
En tercer lloc, aquesta tesi analitza el conjunt de problemes de l´ús de la clorofil•la a per a la caracterització ecològica d´un àrea, així com la necessitat de diferenciar entre influència directa i indirecta dels aports continentals. Es fàcil pendre decissions errònies a l´hora de la caracterització ecológica d´un àrea utilitzant la clorofil•la a com a indicador, no sols degut a les variacions temporals de la clorofil•la a en cada àrea sinò també degut a la localització del punt de mostreig en sí i l´estació de l´any en que es realitza el mostreig. A raó dels resultats, s´ha vist necessari desenvolupar un mètode que permiteixca caracteritzar una zona sense vore´s subjecte a la interferència de la influència continental directa. S´ha establert el llindar de salinitat per a definir la zona afectada pel vertit continental directe (camp proper, on els nutrients tenen un comportament invers al de la salinitat) i la zona amb influència indirecta (camp llunyà, on el comportament dels nutrients i la salinitat és independent). Aquest llindar s´estableix mitjançant l´anàlisi factorial de diferents paràmetres físicoquímics i biològics (salinitat, nitrògen inorgànic dissolt, fòsfor total, àcid ortosilícic i clorofil•la a) provinents dels mostrejos de plomes, de platges i d´ambdòs conjuntament. Aquesta anàlisi factorial conclueix que el punt de tall de salinitat, on el comportament dels nutrients i la salinitat és independent, és de 37,5 g/kg.
Per últim, s´analitzen els problemes detectats a l´hora d´establir la qualitat ecològica de les diferents masses d´aigua amb una sola mètrica. Com ja s´ha comentat anteriorment, a l´exercici d´intercalibratge realitzat en el marc de la DMA s´estableix que, per al Mediterrani espanyol, la determinación de l´estat tròfic ha de realitzar-se amb el percentil 90 d´una sèrie temporal de cinc anys de concentracions mensuals de clorofil•la a. Per aquest motiu, s´ha desenvolupat un nou enfocament que té en compte altres mètriques que consideren la variabilitat natural del sistema. La selección de les zones de referència es realitza després d´una análisis completa de les pressions i impactes i no en base a un sol paràmetre. Una volta seleccionades les zones de referència, es proposa que, per a la classificació de les masses d´aigua, una metodologia contrastada en la que es considera el grau de desviació que pot ser tolerat per l´ecosistema.