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A Nextflow pipeline for T-cell receptor repertoire reconstruction and analysis from RNA sequencing data

Rubio, Teresa; Chernigovskaya, Maria; Marquez, Susanna; Marti, Cristina; Izquierdo-Altarejos, Paula; Urios, Amparo; Montoliu, Carmina; Felipo, Vicente; Conesa, Ana; Greiff, Victor; Tarazona, Sonia (Elsevier B.V., 2022-03-12)

[EN] T-cell receptor (TCR) analysis is relevant for the study of immune system diseases. The expression of TCRs is usually measured with targeted sequencing approaches where TCR genes are selectively amplified. However, ...
Análisis de datos ómicos para determinar diferencias entre nacimientos prematuros y a término a partir de exosomas de leche materna

Porlán Miñarro, Antonio (Universitat Politècnica de València, 2021-10-08)

[ES] El parto prematuro está asociado a resultados adversos en el desarrollo del neonato. En este aspecto, la leche materna y su composición juegan un papel importante en el correcto desarrollo del neonato, ya que es un ...
Multi-omic data integration study of immune system alterations in the development of minimal hepatic encephalopathy in patients with liver cirrhosis

Rubio Martínez-Abarca, María Teresa (Universitat Politècnica de València, 2022-09-01)

[ES] El objetivo principal de este trabajo fue conocer las alteraciones inmunológicas asociadas a la inflamación periférica que desencadenan deterioro cognitivo en los pacientes cirróticos encefalopatía hepática mínima ...
Reference-based comparison of adaptive immune receptor repertoires

Weber, Cédric R.; Rubio, Teresa; Wang, Longlong; Zhang, Wei; Robert, Philippe A.; Akbar, Rahmad; Snapkov, Igor; Wu, Jinghua; Kuijjer, Marieke L.; Tarazona, Sonia; Conesa, Ana; Sandve, Geir K.; Liu, Xiao; Reddy, Sai T.; Greiff, Victor (Cell Press, 2022-08-22)

[EN] B and T cell receptor (immune) repertoires can represent an individual's immune history. While current repertoire analysis methods aim to discriminate between health and disease states, they are typically based on ...

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