Creación de una aplicación web en el contexto de la competición IGEM 2016

Abstract

[ES] La competición IGEM es un evento anual organizado por el MIT que versa sobre Biología Sintética y en el que participan institutos y universidades a nivel internacional. El objetivo es que los participantes planteen proyectos como soluciones a problemas que afectan al mundo real, empleando para ello construcciones de biobricks, que son secuencias de ADN que conforman las denominadas partes estándar e intercambiables. Estas, combinadas de distintas formas, permiten aplicar nuevas construcciones genéticas en seres vivos. El proyecto Hype-It, presentado por un equipo multidisciplinar de alumnos de la Universidad Politécnica de Valencia el pasado mes de octubre en el IGEM, pretende hacer más accesible la revolucionaria técnica de CRISPR/Cas9, facilitando y simplificando la mejora de variedades de plantas a los fitomejoradores. Dichas mejoras pueden ayudar a aumentar la resistencia a plagas de las plantas, a una mejor adaptación vegetal frente al cambio climático y a incrementar la productividad alimenticia de los cultivos, pudiendo así alimentar a una población mundial cuyo crecimiento no tiene precedentes. Todo ello, junto con la premisa de preservar la biodiversidad introduciendo nuevas plantas en el entorno, define la ambiciosa tecnología propuesta por el equipo Valencia UPV en la edición 2016 del IGEM. El presente TFG se ha elaborado en el marco del proyecto HYPE-IT y consiste en el desarrollo de una herramienta informática para encontrar y sugerir las óptimas regiones genéticas que sirvan como diana a la proteína Cas9, permitiendo la incorporación de modificaciones en el genoma de una planta mediante la desactivación o silenciamiento de estas regiones.

[EN] The IGEM competition is an annual event organised by the MIT about Synthetic Biology in which institutes and universities participate at an international level. The aim is that participants propose projects as solutions to the problems affecting the real world, using biobricks constructions, that are DNA sequences that make up the so-called standard and interchangeable parts. These parts, combined in different ways, allow us to apply new genetic constructs in living beings. The HYPE-IT project, presented by a multidisciplinary team of students of the “Universitat Politècnica de València” last october in the IGEM competition, aims to make the revolutionary CRISPR/Cas9 technique more accessible, facilitating and simplifying the improvement of plant varieties to plant breeders. These improvements can help to increase plant’s resistance to pests, to improve the plant's adaptation to climate change, and to increase farming productivity, being able this way of feeding a world population with an unprecedented growth. All this, also with the premise of preserving biodiversity by introducing new plants in the environment defines the ambitious technology proposed by Valencia’s team in the 2016 IGEM's edition, This end of degree project has been developed within the framework of the HYPE-IT project, and consists in the development of a software tool to find and suggest the optimal genetic regions that could serve as targets for the Cas9 protein, allowing the incorporation of modifications in the genome of a plant by deactivating or silencing these regions.