Caracterización de aislados de L. monocytogenes de diferentes industrias alimentarias por secuenciación de genoma completo (WGS)

[ES] La Comisión Europea ha aprobado la entrada en vigor del Reglamento (EU) 2025/179 a partir de agosto del año 2026. Este reglamento hace referencia a la recogida y secuenciación del genoma completo de patógenos alimentarios aislados asociados con un brote alimentario. Según este reglamento, si se da un brote de transmisión alimentaria, las empresas potencialmente relacionadas deberán proporcionar a las autoridades aislados del microorganismo en cuestión, entre los que se encuentra Listeria monocytogenes, para la secuenciación de su genoma completo. Por ello, existe un creciente interés por parte de las industrias alimentarias en caracterizar las cepas de L. monocytogenes propias de cada planta con el objetivo de identificar las posibles fuentes de contaminación habituales y detectar posibles contaminaciones puntuales, para optimizar los protocolos de higiene. OBJETIVOS:

• Aislar cepas de L. monocytogenes de los procesos productivos de diferentes industrias alimentarias.
• Identificar las cepas de L. monocytogenes vía secuenciación de genoma completo (WGS) predominantes en cada sector de la industria alimentaria.
• Caracterizar genes de interés en los genomas de cada una de las cepas de L. monocytogenes.
• Generar un biobanco de genomas de L. monocytogenes según el tipo de industria alimentaria. METODOLOGÍA:
• Obtención de aislados de L. monogytogenes procedentes de diferentes industrias alimentarias.
• Extracción de ADN de aislados de L. monocytogenes de diferentes industrias alimentarias.
• Generación de librerías genómicas.
• Secuenciación de genoma completo (WGS) utilizando el equipo MinIon (Oxford Nanopore).
• Análisis bioinformático de genes de interés.
• Generación de un biobanco de genomas completos de L. monocytogenes.

[EN] Listeria monocytogenes is a pathogen of great significance in the food industry due to its ability to persist in processing environments and contaminate ready-to-eat foods. Furthermore, it is capable of causing listeriosis in humans, a rare but highly fatal disease, particularly amongst the most vulnerable population groups. It is therefore very important to characterise L. monocytogenes isolates from different types of food industries by sequencing their whole genomes to study their genetic relationships and identify genes associated with antimicrobial resistance, biocide tolerance, biofilm formation and persistence. In this project, 112 isolates of L. monocytogenes from different sources and industries were analysed to identify the predominant sequence types (ST), analyse the phylogenetic relationships between strains and study genes of interest present in their genomes. To achieve this, DNA was extracted from the samples, sequenced using Oxford Nanopore Technologies, and various bioinformatics tools were employed to analyse and compare all the genomes. The analyses made it possible to identify the predominant STs in the sectors studied and to detect genes of interest with variable distribution amongst the isolates. Based on the data presented in this study, it was concluded that the genetic relationship between the isolates was more closely associated with the ST than with their industry of origin. However, it would be advisable to increase the sample size and carry out phenotypic analyses to determine whether the presence of the identified genes corresponds to resistance, tolerance to biocides, biofilm formation or persistence.