Gestión de datos genómicos basada en Modelos Conceptuales

Abstract

[ES] El TFM abordará la problemática asociada a la gestión de datos genómicos. Se trata de un contexto de trabajo especialmente complejo debido al volumen, heterogeneidad y dispersión en las fuentes de datos existentes. El dominio de estudio será el genoma de los cítricos (gestión de datos genómicos para los cítricos en el ámbito del Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA)). Durante el desarrollo de este trabajo se incidirá en la importancia de diseñar un Modelo Conceptual que sirva como artefacto sistémico de referencia con el objetivo de caracterizar los datos relevantes del dominio estudiado de una manera clara y que sea independiente de la plataforma software a utilizar. Un punto esencial asociado a la arquitectura de dicha plataforma software será la selección del tipo de Sistema de Gestión de Base de Datos más apropiado para la manipulación de los datos objeto de estudio. Por ello, se analizará en particular la conveniencia de usar un Sistema de Gestión de Base de Datos (SGBD) relacional o uno del tipo NoSQL estudiando sus fortalezas y debilidades en relación al dominio estudiado. Una vez decidida la plataforma de almacenamiento de los datos, se diseñará y desarrollará la Base de Datos correspondiente, se cargarán los datos relevantes y se elaborarán las consultas que representen los requisitos de los usuarios del Sistema. Todo ello proporcionará un ambiente avanzado de gestión de datos genómicos, dirigido por un modelo conceptual, desarrollado con tecnologías de última generación, y puesto a disposición de los usuarios del entorno de trabajo seleccionado.

[CA] Aquest TFM abordará la problemàtica associada a la gestió de dades genòmiques. Es tracta d’un context de treball especialment complex a causa del volum, heterogeneïtat i dispersió en les fonts de dades existents. El domini d’estudi serà el genoma dels cítrics (gestió de dades genòmiques per als cítrics en l’àmbit de l’Institut Valencià d’Investigacions Agràries (IVIA)). Durant el desenvolupament d’aquest treball s’incidirà en la importància de dissenyar un model conceptual que servisca com a artefacte sistèmic de referència amb l’objectiu de caracteritzar les dades rellevants del domini estudiat d’una manera clara i que siga independent de la plataforma software a utilitzar. Un punt essencial associat a la arquitectura d’aquesta plataforma software serà la selecció del tipus de Sistema de Gestió de Base de dades més apropiat per a la manipulació de les dades objecte d’estudi. Per aquesta raó, s’analitzarà en particular la conveniència d’usar un Sistema de Gestió de Bases de Dades (SGBD) relacional o un del tipus NoSQL estudiant les fortaleses i debilitats en relació al domini estudiat. Una vegada elegida la plataforma d’enmagatzematge de dades, es disenyarà i desenvoluparà la Base de Dades corresponent, es carregaràn les dades rellevants i s’elaboraràn les consultes que representen els requisits dels usuaris del sistema. Tot això proporcionarà un ambient avançat de gestió de dades genòmiques, dirigit per un model conceptual, desenvolupat amb tecnologíes d’última generació i posat a disposició dels usuaris de l’entorn de treball seleccionar

[EN] This thesis will address the problem associated to the management of genomic data. It is a particularly complex work context due to the volume, heterogeneity and dispersion present in the existing data source. The study domain will be the genome of the citrus (Citrus genomic data management by the Valencian Institute of Agrarian Research (IVIA) scientists). During the development of this work we will focus on the importance of designing a Conceptual Model that serves as a reference systemic artifact with the objective of characterizing relevant data of the domain studied in a clear way and platform independent. A crucial point associated to this software platform will be the selection of type of Database Manage System for the manipulation of the data under study. Therefore, a relational vs NoSQL study will be made analyzing the strengths and weaknesses of both types of systems regarding the studied domain. Once the Database Management System (DBMS) has been decided, it will be designed and developed, the data will be loaded and the queries that represent the requirements of the users will be created. All this will provide an advanced, model-driven genomic data management environment using the latest generation technologies which will be made available to the users of the selected environment.