Del Esquema Conceptual al Mundo Real, una Base de Datos Genómica

Abstract

Existen muchas técnicas para el diseño y desarrollo de sistemas en la actualidad, sin embargo, el uso de técnicas de modelado conceptual esta siendo una práctica cada vez más común entre la ingeniera de software, ya que con esta técnica se proporciona una precisa descripción del dominio del problema, de tal forma que la obtención de modelos a diferentes niveles de abstracción determine el producto software final. Así pues el Modelado Conceptual consiste en entender y dominar dominio del problema y la conceptualización del conocimiento que se tiene sobre él, a un nivel abstracto antes de implementar una solución, permite que los ingenieros de software y los clientes de los sistemas trabajen al mismo nivel y que, además, exista un entendimiento sobre lo que se tiene que hacer y el producto que se obtendrá. El diseño de modelos conceptuales y llevarlos a aplicaciones reales es abordado a través de la ingeniera dirigida por Modelos MDE (Model-Driven Engineering). Estas técnicas de modelado conceptual han sido aplicadas en los últimos años a muchos dominios de sistemas de información como sistemas de negocios, sistemas médicos, sistemas financieros, etc., sin embargo, se desea llevar estas técnicas a niveles más extremos, a dominios más difíciles y desafiantes como lo es la interpretación del Genoma Humano, donde la ausencia del uso de las técnicas del modelado conceptual es notable, y la falta de conocimiento que se tiene sobre el dominio es poca. Los principales objetivos de aplicar el Modelado Conceptual a la interpretación del Genoma Humano son: 1. Modelar correctamente el conocimiento que se tiene sobre este dominio y 2. Construir un sistema de información basado en dicho modelo conceptual. El trabajo que se presenta en esta tesina se va a centra más en el segundo objetivo pues, tanto para la Genómica como para la Bioinformática es importante desarrollar sistemas de software de calidad que contribuyan a la interpretación e investigación en este dominio. El trabajo se ha desarrollado dentro del Centro de Investigación ProS (Métodos de Producción del Software) en concreto en la línea de investigación de Modelado Conceptual del Genoma y, junto con otras tesinas desarrolladas en el centro, tiene como objetivo diseñar una plataforma de base de datos que incluya toda la información relevante que se pueda encontrar en las distintas bases de datos existentes así como el desarrollo de aplicaciones que permita su explotación. Estos objetivos generales, se concretan en los siguientes subobjetivos: 1. Diseño de un Esquema Conceptual del Genoma Humano (ECGH) que represente todo el dominio del conocimiento. 2. Diseño de la base de datos relacional asociada mediante un proceso de transformación y refinamiento. 3. Análisis de las fuentes de datos existentes y más utilizadas por los biólogos. 4. Diseño de un prototipo de carga inicial que permita poblar la base de datos definida. 5. Implementación y puesta en marcha del prototipo. El trabajo que se presenta se ha centrado en los subobjetivos 2, 3 y 4.