Caracterización a nivel genómico y epigenómico de PDL1 en base al nivel de expresión génica en diferentes subtipos de líneas celulares de cáncer de mama

Abstract

[ES] El desarrollo de la inmunoterapia ha alcanzado un importante punto de inflexión en la historia del tratamiento del cáncer. El gran potencial de la inmunoterapia en cáncer se basa en el aprovechamiento del propio sistema inmune para combatir las células tumorales. Resultados recientes muestran la existencia de intersecciones entre fenómenos genéticos e inmunológicos en las células tumorales, por lo que es de crucial importancia la búsqueda de biomarcadores, que puedan predecir la respuesta a estos agentes inmunoterápicos. La sobreexpresión de PD-L1 es el único biomarcador predictivo de respuesta para la terapia anti-PD-1/PD-L1 que está aceptado y bien estudiado, aunque numerosos ensayos clínicos han tratado de correlacionar la expresión de PDL1 con la respuesta al tratamiento sin resultados determinantes, debiéndose esto a la expresión dinámica de PDL1 en los tumores. La unión entre ambos PD1/PD-L1 permite a la célula tumoral evadir la destrucción inmune generando un efecto inmunosupresor. Por tanto, dicha interacción se ha convertido en diana de interés y objeto de estudio para entender en qué condiciones el tratamiento PD-L1 será beneficioso para el paciente. En el presente TFM vamos a caracterizar PD-L1 en diferentes líneas celulares de cáncer de mama. Se partirá del trabajo realizado por el grupo de Joe Gray en la caracterización de las líneas de cáncer de mama para una primera caracterización de PD-L1. A nivel de laboratorio, se disponen de los datos de un array aCGH en el que se evaluaron 52 líneas celulares. También se evaluó mediante qPCR los posibles CNVs y la expresión de PD-L1 en estas 52 líneas. Para la validación de estos resultados, se pondrá a punto el FISH para la determinación de alteraciones en el número de copias y la IHC para la confirmación de la localización y expresión de PD-L1*. Por último, se obtendrán también los datos de la metilación de PD-L1 en 3 posiciones para las 52 líneas celulares. Estos datos serán analizados con el fin de evaluar posibles factores que afecten a la expresión de PD-L1. Finalmente se analizarán los resultados en base al subtipo molecular, así como el resto de las características que conozcamos de las líneas celulares para ver si el nivel de expresión de PDL1, viene determinado a nivel genómico y si este estado genómico se asocia con algún fenotipo molecular concreto. *En estas técnicas (FISH, IHC), debido a la cantidad de líneas de las que se disponen en el laboratorio, no se realizará en más de 20.

[EN] Immune therapy has become an inflexion point in cancer treatment. Immune therapy potential lie in the inherent ability of the own immune system to recognize and destroy cancer cells. Recent results show intersections between genetic and immunological processes in tumoral cells. Therefore, is important to identify possible biomarkers that can predict a positive outcome when immunotherapeutic agents are used. PDL1 overexpression is the only accepted and well-studied biomarker to determinate the outcome of the anti-PD1/PDL1 treatment. Despite of that, some clinical assay has tried to correlate PDL1 expression with treatment response without finding concluding results. This could be related with the dynamic expression of PDL1 in cancer cells. PD1 interaction with PDL1 allows the cancer cell to avoid immune response against tumor. The interruption of this interaction has become a potential target and an interesting topic of study to understand under which conditions PDL1 treatment could become beneficial to the patient. In this TFM, we will focus on the characterization of PDL1 in different breast cancer cell lines. Most of the cell lines included in this work has been previously characterized by Joe Gray¿s group, so we will start from his work to gather information about PDL1 in these cancer cell lines. Our research group has the characterization results of 52 cell lines performed by array aCGH. CNV and PDL1 mRNA expression will be evaluated by real time PCR. To validate these results, FISH and IHC will be optimized to validate CNV and expression, respectively*. Also, methylation in 3 genomics positions will be evaluated in all 52 cell lines. All the data will be evaluated to find any possible factor that can affect PDL1 expression. Finally, these results will be evaluated according to cell lines subtypes to understand if PDL1 expression correlates with genomic state and this, with some concrete molecular phenotypes. *FISH and IHC will be evaluated in no more than 20 cell lines, due to the high number of cell lines available in the lab.