Estudio de asociación del genoma completo para el crecimiento y característica de la canal en la población de ganado de carne rubia gallega

Abstract

[ES] Se ha realizado un análisis mediante ssGBLUP ¿single-step Genomic Selection BLUP- utilizando cinco bases de datos que incluían 288,960 registros de pesos al nacimiento (BW), 75,631 para Peso al destete (WW), 76,868 para peso de la canal fría (CCW),76,859 para conformación usando la escala SUEROP (CONF) y 76,732 para engrasamiento (FAT) en la raza bovina Rubia Gallega. Además, se utilizó una genealogía que incluyó 417,903 entradas de individuo-padre-madre. Además, se usaron los genotipados de 713 individuos con el Affymetrix Axion Bovine Chip. Después de un filtrado estándar se utilizaron 45,279 SNPs marcadores. A partir de los resultados del ssGBLUP se han obtenido las soluciones de los efectos SNP a través de la equivalencia entre los modelos GBLUP y SNP-BLUP. Estas soluciones se han utilizado posteriormente para calcular el porcentaje de la varianza genética explicada por regiones definidas en función del tamaño del genoma (0.5 a 3 Mb) o el número de marcadores SNP (10 a 60). Los resultados nos han permitido identificar regiones genómicas de interés en los cromosomas 1, 2, 3, 5, 6, 8, 9, 11, 15, 16, 19, 20, 21 y 23. Es destacable que algunas de ellas tienen un efecto pleiotrópico como las localizadas en BTA1 (14-15mb) -BW, WW, CON y FAT-, BTA1(131-132mb) -BW, FAT y CCW- , BTA2 (90-92mb) -WW, CCW, CON FAT- , BTA2(126-127mb) -BW,WW,CCW,CON y FAT-, BTA3(32mb) -BW, WW, CCW, CON y FAT- ,BTA6 (36-38mb) -BW, CCW y FAT-, BTA16(24-25mb) ¿BW, WW, CCW, CON y FAT-, BTA19 (55-56mb)- BW, WW, CCW, CON y FAT-, BTA20 (20-22mb) ¿ BW, WW, CCW, CON y FAT-, BTA21(56-57mb) -BW, WW, CCW, CON y FAT-, BTA23 (39mb) -BW, WW, CCW, CON y FAT-. Entre los genes localizados en estas regiones merece la pena destacar los siguientes: MRPS6 y NCK1 en BTA1, MSTN y SESN2 en BTA2, KNCNA3 en BTA 3, DDIT3 en BTA5, LCORL y NCAPG en BTA6, BPNT1en BTA16, ACOX1 en BTA 19, PLK2 en BTA20, SLC2A4 en BTA21 y el RNF144B en BTA23.

[EN] Single-step genomic selection analyses were performed using a data set of five traits that include 288,960 records for birth weight (BW), 75,631 for weaning weight (WW), 76,868 for cold carcass weight (CCW), 76,859 for conformation using the SEUROP scale (CON) and 76,723 for fatness (FAT). The pedigree included 417,903 individual-sire-dam entries and 713 of them were genotyped with the Affymetrix Axiom Bovine Chip. After a standard filtering, genotypes for 45,279 SNP markers were available. From the results of the Single-step genomic analyses, we used the equivalence between the GBLUP and SNPBLUP models to achieve the solutions for SNP effects and they were used to calculate the percentage of variance explained by genomic regions from 0.5 to 3 Mb and between 10 to 60 SNP. The results allow us to identify genomic regions of interest in chromosomes 1, 2, 3, 5, 6, 8, 9, 11, 15, 16, 19, 20, 21 and 23. It is noteworthy that some of them have a pleiotropic effect such as those located in BTA1 (14-15mb) -BW, WW, CON and FAT-, BTA1 (131-132mb) -BW, FAT, CCW-, BTA2 (90-92mb) - WW, CCW, CON and FAT-, BTA2 (126-127mb) -BW, WW, CCW, CON and FAT-, BTA3 (32mb) -BW, WW, CCW, CON and FAT-, BTA6 (36 -38mb) - BW, CCW, FAT-, BTA16 (24-25mb) ¿BW, WW, CCW, CON and FAT-, BTA19 (55-56mb) - BW, WW, CCW, CON and FAT-, BTA20 ( 20-22mb) - BW, WW, CCW, CON and FAT-, BTA21 (56-57mb) -BW, WW CCW, CON y FAT- and BTA23 (39mb) -BW, WW, CCW, CON and FAT Among the genes located in These regions are worth highlighting the following: MRPS6 and NCK1 in BTA1, MSTN and SESN2 in BTA2, KNCNA3 in BTA 3, DDIT3 in BTA5, LCORL and NCAPG in BTA6, BPNT1 in BTA16, ACOX1 in BTA 19, PLK2 in BTA20, SLC2A4 in BTA21 and RNF144B in BTA23.

[CA] S'ha realitzat una anàlisi per mitjà de ssGBLUP -single-step Genomic Selection BLUP- utilitzant cinc bases de dades que incloïen 288,960 registres de pesos al naixement (BW), 75,631 per a Pes al deslletament (WW), 76,868 per a pes de la canal freda (CCW),76,859 per a conformació usant l'escala SUEROP (CONF) i 76,732 per a greixatge (FAT) en la raça bovina Rossa Gallega. A més, es va utilitzar una genealogia que va incloure 417,903 entrades d'individu-pare-mare. A més, es van usar els genotipatges de 713 individus amb l'Affymetrix Axion Bovine Xip. Després d'un filtrat estàndard es van utilitzar 45,279 SNPs marcadors. A partir dels resultats del ssGBLUP s'han obtingut les solucions dels efectes SNP a través de l'equivalència entre els models GBLUP i SNP-BLUP. Estes solucions s'han utilitzat posteriorment per a calcular el percentatge de la varianza genètica explicada per regions definides en funció de la grandària del genoma (0.5 a 3 Mb) o el nombre de marcadors SNP (10 a 60).Els resultats ens han permés identificar regions genòmiques d'interés en els cromosomes 1, 2, 3, 5, 6, 8, 9, 11, 15, 16, 19, 20, 21 i 23. És destacable que algunes d'elles tenen un efecte pleiotrópico com les localitzades en BTA1 (14-15mb) -BW, WW, AMB i FAT-, BTA1 (131-132mb) -BW, FAT i CCW- , BTA2 (90-92mb) -WW, CCW, AMB FAT- , BTA2 (126-127mb) -BW,WW,CCW,CON i FAT-, BTA3 (32mb) -BW, WW, CCW, AMB i FAT- ,BTA6 (36-38mb) -BW, CCW i FAT-, BTA16 (24-25mb) -BW, WW, CCW, AMB i FAT-, BTA19 (55-56mb) - BW, WW, CCW, AMB i FAT-, BTA20 (20- 22mb) - BW, WW, CCW, AMB i FAT-, BTA21 (56-57mb) -BW, WW, CCW, AMB i FAT-, BTA23 (39mb) -BW, WW, CCW, AMB i FAT-. Entre els gens localitzats en estes regions val la pena destacar els següents: MRPS6 i NCK1 en BTA1, MSTN i SESN2 en BTA2, KNCNA3 en BTA 3, DDIT3 en BTA5, LCORL i NCAPG en BTA6, BPNT1en BTA16, ACOX1 en BTA 19, PLK2 en BTA20, SLC2A4 en BTA21 i el RNF144B en BTA23.