Enrichment of Archetypes with Domain Knowledge to Enhance the Consistency of Electronic Health Records

Abstract

[ES] La consistencia de los datos de la HCE, como dimensión de la calidad, se considera un requisito esencial para la mejora de la prestación de la asistencia sanitaria, los procesos de toma de decisiones clínicas y la promoción de la investigación clínica. En este contexto, la cooperación entre la información y los modelos de dominio se considera esencial en la literatura, pero la comunidad científica no la ha abordado adecuadamente hasta la fecha. La contribución principal de esta tesis es el desarrollo de métodos y herramientas para la inclusión de expresiones de enlaces terminológicos en reglas de consistencia. Las contribuciones específicas son: - Definición de un método para ejecutar ECs sobre una base de datos de SNOMED CT orientada a grafos. - Definición de métodos para simplificar ECs antes y después de su ejecución, y su validación semántica conforme al Machine Readable Concept Model de SNOMED CT (MRCM). - Definición de un método para visualizar, explorar dinámicamente, comprender y validar subconjuntos de SNOMED CT. - Desarrollo de SNQuery, una plataforma que ejecuta, simplifica y valida ECs y visualiza los subconjuntos resultantes. - Definición de EHRules, un lenguaje de expresiones basado en el openEHR Expression Language para la especificación de reglas de consistencia en arquetipos, incluido el enlace terminológico de contenido, con el fin de enriquecer los arquetipos con conocimiento del dominio. - Definición de un método para ejecutar las expresiones de EHRules con el fin de validar la consistencia de los datos de la HCE mediante la ejecución de dichas expresiones sobre instancias de datos de pacientes. Nuestro objetivo es que estas contribuciones ayuden a mejorar la calidad de la HCE, ya que proporcionan métodos y herramientas para la validación y mejora de la consistencia de los datos de la HCE. Pretendemos, además, mediante la definición de enlaces de contenido entre modelos de información y terminologías clínicas, elevar el nivel de interoperabilidad semántica, para lo cual la definición de enlaces terminológicos es crucial.

[CA] La consistència de les dades de la HCE, com a dimensió de la qualitat, es considera un requisit essencial per a la millora de la prestació de l'assistència sanitària, els processos de presa de decisions clíniques i la promoció de la investigació clínica. En aquest context, la cooperació entre la informació i els models de domini es considera essencial en la literatura, però la comunitat científica no l'ha abordada adequadament fins hui. La contribució principal d'aquesta tesi és el desenvolupament de mètodes i ferramentes per a la inclusió d'expressions d'enllaços terminològics en regles de consistència. Les contribucions específiques són: - Definició d'un mètode per a executar ECs sobre una base de dades de SNOMED CT orientada a grafs. - Definició de mètodes per a simplificar ECs abans i després de la seua execució, i la seua validació semàntica conforme al Machine Readable Concept Model de SNOMED CT (MRCM). - Definició d'un mètode per a visualitzar, explorar dinàmicament, comprendre i validar subconjunts de SNOMED CT. - Desenvolupament de SNQuery, una plataforma que executa, simplifica i valida ECs i visualitza els subconjunts resultants. - Definició de EHRules, un llenguatge d'expressions basat en l'openEHR Expression Language per a l'especificació de regles de consistència en arquetips, inclòs l'enllaç terminològic de contingut, amb la finalitat d'enriquir els arquetips amb coneixement del domini. - Definició d'un mètode per a executar les expressions de EHRules amb la finalitat de validar la consistència de les dades de la HCE mitjançant l'execució d'aquestes expressions sobre instàncies de dades de pacients. El nostre objectiu és que aquestes contribucions ajuden a millorar la qualitat de la HCE, ja que proporcionen mètodes i ferramentes per a la validació i millora de la consistència de les dades de la HCE. Pretenem, a més, mitjançant la definició d'enllaços de contingut entre models d'informació i terminologies clíniques, elevar el nivell d'interoperabilitat semàntica, per a la qual cosa la definició d'enllaços terminològics és crucial.

[EN] Consistency of EHR data, as a dimension of quality, is considered an essential requirement to the improvement of healthcare delivery, clinical decision-making processes, and the promotion of clinical research. In this context, cooperation between information and domain models has been considered essential in the literature, but it has not been adequately addressed by the scientific community to date. The main contribution of this thesis is the development of methods and tools for the inclusion of terminology binding expressions in consistency rules. Specific contributions are: - Definition of a method to execute ECs over a SNOMED CT graph-oriented database. - Definition of methods to simplify ECs before and after its execution and semantic validation according to the SNOMED CT Machine Readable Concept Model (MRCM). - Definition of a method to visualize, dynamically explore, understand and validate SNOMED CT subsets. - Development of SNQuery, an execution platform that executes, simplifies and validates ECs, and visualizes the resulting subsets. - Definition of EHRules, an expression language based on the openEHR Expression Language for the specification of consistency expressions in archetypes, including value set bindings, in order to enrich archetypes with domain knowledge. - Definition of a method to execute EHRules expressions in order to validate the consistency of EHR data by executing such rules over patient data instances. Our objective is that these contributions help to enhance the quality of EHR, as they provide methods and tools for the validation and enhancement of the EHR data consistency. We also intend, by defining value set bindings between information models and clinical terminologies, to raise the level of semantic interoperability, for which the definition of terminological bindings is crucial.