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Biophysical characterization of the HIV-1 Pol polyprotein and virtual screening for identification of binders

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Biophysical characterization of the HIV-1 Pol polyprotein and virtual screening for identification of binders

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dc.contributor.advisor Lisón Párraga, María Purificación es_ES
dc.contributor.advisor Ruiz Figueras, Francesc Xavier es_ES
dc.contributor.author Vega Sarabia, Alejandra es_ES
dc.date.accessioned 2022-07-18T07:55:42Z
dc.date.available 2022-07-18T07:55:42Z
dc.date.created 2022-06-29
dc.date.issued 2022-07-18 es_ES
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10251/184309
dc.description.abstract [ES] El VIH-1 es un virus perteneciente a la familia de los retrovirus, ya que los de su familia tienen ARN como material genético, sin embargo para infectar las células humanas deben tener mecanismos que permitan la retrotranscripción, que es la transcripción de ARN a ADN. Para ello, el virus dispone de una serie de enzimas, entre ellas la propia retrotranscriptasa (RT) y la enzima proteasa (PR) que media en la maduración del VIH. Se sabe que estas dos enzimas provienen de una proteína inmadura llamada Polyprotein Pol. Mientras que la región de la poliproteína Pol que contiene la enzima RT está bien definida, la correspondiente a PR sigue siendo ambigua. El objetivo es encontrar ligandos y/o inhibidores capaces de unirse a la región que separa RT de PR en la poliproteína Pol. Para ello se aplicarán técnicas de acoplamiento o proyección virtual. Se simulará la unión o acoplamiento de una biblioteca de 500 ligandos a la poliproteína Pol y se realizará un análisis posterior de las energías de unión libres. Estos valores de energía obtenidos de la simulación serán el criterio que determinará las moléculas que se ensayarán en wet lab y se comprobará la unión mediante técnicas de polarización de fluorescencia. es_ES
dc.description.abstract [EN] HIV-1 is a virus belonging to the family of retroviruses, as those of its family has RNA as genetic material, however to infect human cells must have mechanisms that allow retrotranscription, which is the transcription of RNA to DNA. For this, the virus has a number of enzymes, including the retrotranscriptase itself (RT) and the protease enzyme (PR) that mediates the maturation of HIV. It is known that these two enzymes come from an immature protein called Polyprotein Pol. While the region of the Pol polyprotein containing the RT enzyme is well defined, the one corresponding to PR is still ambiguous. The objective is to find ligands and/or inhibitors capable of binding to the region that separates RT from PR in the polyprotein Pol. For this, docking or virtual screening techniques will be applied. The binding or docking of a library of 500 ligands to the Polyprotein Pol will be simulated and a subsequent analysis of the free binding energies will be made. These energy values obtained from the simulation will be the criterion that will determine the molecules that will be tested in wet lab and the union will be checked using fluorescence polarization techniques. es_ES
dc.format.extent 42 es_ES
dc.language Inglés es_ES
dc.publisher Universitat Politècnica de València es_ES
dc.rights Reserva de todos los derechos es_ES
dc.subject HIV-1 es_ES
dc.subject RT es_ES
dc.subject PR es_ES
dc.subject Poliproteina Pol es_ES
dc.subject Energía libre de unión es_ES
dc.subject Docking es_ES
dc.subject Autodock es_ES
dc.subject Matlab es_ES
dc.subject Fluorescencia es_ES
dc.subject Pol polyprotein es_ES
dc.subject Free energy of binding es_ES
dc.subject Fluorescence es_ES
dc.subject.classification BIOQUIMICA Y BIOLOGIA MOLECULAR es_ES
dc.subject.other Grado en Ingeniería Biomédica-Grau en Enginyeria Biomèdica es_ES
dc.title Biophysical characterization of the HIV-1 Pol polyprotein and virtual screening for identification of binders es_ES
dc.title.alternative Caracterización biofísica de la poliproteína Pol del VIH-1 y cribado virtual para la identificación de aglutinantes. es_ES
dc.title.alternative Caracterització biofísica de la Pol poliproteïna del VIH-1 i cribat virtual per a la identificació de lligands. es_ES
dc.type Proyecto/Trabajo fin de carrera/grado es_ES
dc.rights.accessRights Cerrado es_ES
dc.contributor.affiliation Universitat Politècnica de València. Departamento de Biotecnología - Departament de Biotecnologia es_ES
dc.contributor.affiliation Universitat Politècnica de València. Escuela Técnica Superior de Ingenieros Industriales - Escola Tècnica Superior d'Enginyers Industrials es_ES
dc.description.bibliographicCitation Vega Sarabia, A. (2022). Biophysical characterization of the HIV-1 Pol polyprotein and virtual screening for identification of binders. Universitat Politècnica de València. http://hdl.handle.net/10251/184309 es_ES
dc.description.accrualMethod TFGM es_ES
dc.relation.pasarela TFGM\149142 es_ES


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