Aportaciones para evaluar la eficacia del ajuste de la terapia anticoagulante oral de los pacientes del Hospital Universitari i Politècnic La Fe

Abstract

[ES] La capacidad de generar datos en las unidades clínicas hospitalarias es muy grande. Las herramientas empleadas habitualmente en estos centros para su gestión se enfocan a la creación de registros y repertorios de información. No obstante, tienen una baja capacidad de análisis de tendencias o de detección de patrones que permitan obtener información predictiva. Las Unidades de Tratamiento Anticoagulante son un ejemplo muy interesante de esta situación. Estas están presentes en todos los centros hospitalarios de la red de instituciones sanitarias y, se estima que atienden a unos 100000 pacientes en su conjunto, aunque no se dispone de esos datos de forma centralizada. Todas las unidades realizan continuamente análisis y seguimientos clínicos a estos pacientes, que son incorporados a distintas aplicaciones de gestión. Estas últimas tienen en común el registro de una gran cantidad de datos clínicos y analíticos que quedan almacenados, pero sobre los que es difícil establecer inferencias. En concreto, la Unidad de Hemostasia y Trombosis del Hospital Universitario y Politécnico La Fe, cuenta con históricos correspondientes a más de 22000 pacientes que reciben o han recibido tratamiento anticoagulante oral y sus correspondientes visitas de control. Los históricos cuentan con información de más de 720000 visitas realizadas a lo largo de los últimos años. Las personas que reciben cualquier tipo de tratamiento anticoagulante precisan revisiones periódicas para determinar la idoneidad de mantener el tratamiento y ajustar la dosis del fármaco, cuando sea necesario, atendiendo a criterios de eficacia y seguridad para el paciente. En particular, los pacientes tratados con acenocumarol o warfarina, también conocidos como fármacos antivitamina K, requieren de controles exhaustivos. Esto se debe, principalmente, a la gran variabilidad entre pacientes en su efecto terapéutico, derivadas entre otros de factores genéticos y en diferentes circunstancias del propio individuo: adherencia al tratamiento, interacciones con otros fármacos, aspectos relacionados con la dieta, otras enfermedades e incluso errores en la dosificación. El grado de anticoagulación se controla mediante la razón internacional normalizada o INR. Esta es una fórmula matemática que permite estandarizar el tiempo de protrombina de modo que la determinación de este parámetro de control sea homologable entre los distintos laboratorios. El valor de INR obtenido se compara con el valor objetivo, establecido previamente para las distintas patologías induciendo el ajuste de la dosis y el intervalo de tiempo hasta el siguiente control. Los pacientes bien controlados tienen INR regulares, dosis estables y visitas espaciadas. Contrariamente, los mal controlados tienen un incremento del riesgo de complicaciones médicas. Los datos registrados en cada visita son muy numerosos, con diferentes variables clínicas. La complejidad de estas bases de datos es muy grande y actualmente la Unidad de Hemostasia y Trombosis del HUP-LaFe no cuenta con personal que se encargue de analizar estos datos. En el presente Trabajo de Fin de Grado, se generará un conjunto de datos anonimizados, con los datos históricos (cerca de 20 años) de las visitas que realizan los pacientes con problemas de anticoagulación a la “Unidad de Hemostasia y Trombosis” del “Hospital Universitari y Politècnic La Fe” (HUP-LaFe). Para generar el conjunto de datos anonimizado se aplicarán técnicas de limpieza de datos. Una vez obtenido el conjunto de datos anonimizado y limpio, se realizará un análisis retrospectivo de la eficacia del tratamiento que siguen los pacientes que acuden a la Unidad de Hemostasia y Trombosis del HUP-LaFe. Objetivos. El primer objetivo es obtener un conjunto de datos (dataset) anonimizado con información correspondiente a las visitas realizadas a la “Unidad de Hemostasia y Trombosis” del “Hospital Universitari y Politècnic La Fe”. El segundo objetivo es la redacción de un informe que indique la eficacia del tratamiento anticoagulante oral que reciben los pacientes del HUP-LaFe. Aportaciones. Las aportaciones de este trabajo son principalmente tres: A) El conjunto de datos anonimizados B) El análisis retrospectivo C) La metodología para pseudoanonimizar los datos de los pacientes. La primera aportación puede resultar útil para que alumnos del Grado de Ciencia de Datos (GCD) de la UPV puedan analizar datos reales y, a partir de ellos, generar análisis retrospectivos. La segunda aportación es también importante: mostrará a los directivos y médicos del HUP-LaFe información fidedigna referente a la eficacia del tratamiento anticoagulante que reciben los pacientes de su centro. La tercera aportación servirá como base para anonimizar datos de otros centros que quieran proporcionar sus datos para que les ayuden los investigadores de la UPV.

[EN] The capacity to generate data in hospital clinical units is huge. The tools usually used in these centres for their management focus on creating records and repertoires of information. However, they have a low capacity for trend analysis or detecting patterns that allow predictive information to be obtained. Anticoagulant Treatment Units are a very interesting example of this situation. They are present in all the hospitals of the network of health institutions, and it is estimated that they serve about 100000 patients. However, these data are not available centrally. All units continuously perform analysis and clinical follow-up to these patients, who are incorporated into different management applications. The latter have in common the recording of a large amount of clinical and analytical data stored, but on which it is not easy to draw inferences. Specifically, the Hemostasis and Thrombosis Unit of the Hospital Universitari y Politècnic La Fe has records corresponding to more than 23000 patients who receive or have received oral anticoagulant treatment and their corresponding control visits. The records include information on more than 720000 visits made over the last few years. People receiving any anticoagulant therapy require regular reviews to determine the appropriateness of maintaining treatment and adjusting the dose of the drug, when necessary, based on the patient’s criteria of efficacy and safety. In particular, patients treated with acenocoumarol or warfarin, also known as antivitamin K drugs, require close monitoring. This is primarily due to the significant variability between patients in their therapeutic effect, due to genetic factors and different individual circumstances: treatment adherence, interactions with other drugs, diet-related aspects, other diseases, and even dosing errors. The International Normalised Ratio or INR monitors the degree of anticoagulation: a mathematical formula that allows to standardize the prothrombin time so that the determination of this control parameter is comparable between the different laboratories. The INR value obtained is compared with the target value, previously established for the different pathologies inducing the adjustment of the dose and the time interval until the following control. Well-controlled patients have regular INRs, stable doses and spaced visits. Conversely, poorly controlled patients have an increased risk of medical complications. The data recorded at each visit are numerous, with different clinical variables. The complexity of these databases is very high, and currently, the Hemostasis and Thrombosis Unit of the HUP-LaFe does not have staff to analyse these data. In this Final Degree Project, an anonymised dataset will be generated. This last will have nearly 20 years of historical data with patient’s visits with anticoagulation problems to the "Hemostasis and Thrombosis Unit" of the "Hospital Universitari y Politècnic La Fe" (HUP-LaFe). Data cleaning techniques will be applied to generate the anonymised dataset. Once the anonymised and cleaned dataset has been obtained, a retrospective analysis of the efficacy of the treatment followed by patients attending the Hemostasis and Thrombosis Unit of the HUP-LaFe will be carried out. Objectives. The first objective is to obtain an anonymised dataset (Dataset) with information corresponding to the visits made to the "Hemostasis and Thrombosis Unit" of the "Hospital Universitari y Politècnic La Fe". The second objective is to write a report indicating the efficacy of the oral anticoagulant treatment received by patients at the HUP-LAFe. Contributions. The contributions of this work are mainly threefold: A) The anonymised dataset. B) The retrospective analysis. C) The methodology for pseudoanonymisation of patient data. The first contribution may be helpful for students of the Data Science Degree (GCD) of the UPV to analyse real data. Moreover, generate retrospective analyses. The second contribution is also essential: it will show managers and doctors at HUP-LaFe reliable information on the effectiveness of the anticoagulant treatment patients receive at their centre. The third contribution will serve as a basis for anonymising data from other centres that wish to provide their data for UPV researchers to assist them.

[CA] La capacitat de generar dades en les unitats clíniques hospitalàries és molt gran. Les ferramentes emprades habitualment per a la seua gestió en aquests centres s’enfoquen a la creació de registres i repertoris d’informació. No obstant això, tenen una baixa capacitat d’anàlisi de tendències o de detecció de patrons que permeten obtindre informació predictiva. Les Unitats de Tractament Anticoagulant són un exemple molt interessant d’aquesta situació, ja que estan presents en tots els centres hospitalaris de la xarxa d’institucions sanitàries i, s’estima que atenen uns 100000 pacients en el seu conjunt, encara que no se disposa d’aquestes dades de manera centralitzada. Totes les unitats realitzen contínuament anàlisis i seguiments clínics a aquests pacients, que són incorporats a diferents aplicacions de gestió. Estes últimes tenen en comú el registre d’una gran quantitat de dades clíniques i analítiques que queden emmagatzemades, però sobre les quals és difícil establir inferències. Més concretament, la Unitat de Hemostàsia i Trombosi del Hospital Universitari i Politècnic La Fe, conta amb històrics corresponents a més de 23000 pacients que reben o han rebut tractament anticoagulant oral i les seues visites de control corresponents. Els històrics contenen informació de més de visites realitzades al llarg dels últims anys. Les persones que reben qualsevol tipus de tractament anticoagulant necessiten revisions periòdiques per determinar la idoneïtat de mantindre el tractament i ajustar la dosi del medicament, quan siga necessari, atenent a criteris d’eficàcia i seguretat per al pacient. En particular, els pacients tractats amb acenocumarol o warfarina, també coneguts com fàrmacs antivitamina K, requereixen controls exhaustius. Açò es deu, principalment, a la gran variabilitat entre pacients en el seu efecte terapèutic, derivats entre altres de factors genètics i en diferents circumstàncies del propi individu: adherència al tractament, interaccions amb altres medicaments, aspectes relacionats amb la dieta, altres malalties i inclús errors en la dosificació. El grau d’anticoagulació es controla mitjançant la raó internacional normalitzada o INR. Aquesta és una fórmula matemàtica que permet estandarditzar el temps de protrombina de manera que la determinació d’aquest paràmetre de control siga homologable entre els diferents laboratoris. El valor de INR obtingut es compara amb el valor objectiu„ establit prèviament per les diferents patologies induint al ajust de la dosi i l’interval de temps fins el següent control. Els pacients ben controlats tenen INR regulars, dosis estables i visites espaiades en el temps. Contràriament, els malament controlats tenen una risc de complicacions mèdiques major. Les dades registrades en cada visita són molt nombroses, amb diferents variables clíniques. La complexitat de aquestes bases de dades és molt gran i actualment la Unitat de Hemostàsia i Trombosi del HUP-LaFe no conta amb personal que s’encarregue d’analitzar les dades. En el present Treball de Fi de Grau, es generarà un conjunt de dades anonimitzades, amb les dades històriques (quasi 20 anys) de les visites que realitzen els pacients amb problemes de anticoagulació de la “Unitat de Hemostàsia i Trombosi” del “Hospital Universitari i Politècnic La Fe” (HUP-LaFe). Per a generar el conjunt de dades anonimitzades s’aplicaran tècniques de neteja de dades. Una volta obtingut el conjunt de dades anonimitzat i net, es realitzarà un anàlisis retrospectiu de la eficiència del tractament que segueixen els pacients que van a la Unitat de Hemostasia i Tombosi del HUP-LaFe. Objectius. El primer objectiu es obtindre un conjunt de dades (dataset) anonimitzat amb informació corresponent a les visites realitzades a la Unitat de Hemostàsia i Trombosis del HUP-LaFe. El segon objectiu es la redacció d’un informe que indique la eficiència del tractament anticoagulant oral que reben els pacients del HUP-LaFe. Aportacions. Les aportacions d’aquest treball són principalment tres: A) El conjunt de dades anonimitzat B) L’anàlisi retrospectiu C) La metodología per a pseudoanonimitzar les dades dels pacients. La primera aportació pot resultar útil per a que alumnes del Grau de Ciència de Dades (GCD) de la UPV puguen analitzar dades reals i, a partir d’aquests, generar nous anàlisis retrospectius. La segona aportació és també important: mostrarà als directius i metges del HUP-LaFe informació fidedigna referent a l’eficàcia del tractament anticoagulant que reben els pacients del seu centre. La tercera aportació servirà com a base per anonimitzar dades d’altres centres que vullguen proporcionar les seues dades pe a què les ajuden els investigadores de la UPV.