Diseño y desarrollo de una fuente de datos sobre hotspots asociados al criterio PM1 de las guías ACMG-AMP 2015 aplicado a cardiopatías familiares

Abstract

[ES] Los hotspots son regiones del ADN muy susceptibles de ser mutadas por una inestabilidad inherente, una tendencia al entrecruzamiento desigual o una predisposición química a sustituciones de nucleótidos simples. Las guías ACMG-AMP del 2015 son las más utilizadas a nivel clínico para determinar la relevancia clínica de una variación, de acuerdo con estas, el determinar si una variación se encuentra en un hotspot es un criterio ¿ criterio PM1 de las guías ¿ que indica una evidencia moderada de patogenicidad. La información relacionada con la localización de los hotspots se encuentra principalmente en la literatura, cuestión que dificulta la localización de las variaciones que se encuentran en una de esas regiones, y la posible automatización de dicho criterio. Por este motivo, el objetivo de este Trabajo Final de Grado es diseñar y desarrollar una fuente de datos de hotspots utilizando como caso de uso los fenotipos asociados a las cardiopatías familiares. La fase de diseño de esta fuente de datos comenzó con la caracterización de un hotspot y la definición de la estructura de esta fuente de datos, seleccionando la información de interés de la literatura. Tras esto, se colaboró en el desarrollo de una página web que recogiese toda la información y que resultase amigable para los expertos. Por último, se realizó una evaluación de los resultados basada en la comparación de estos con los extraídos en un caso real y su posterior análisis.

[EN] Hotspots are regions of DNA that are highly susceptible to mutation due to inherent instability, a tendency for unequal crosslinking, or a chemical predisposition to single nucleotide substitutions. The 2015 ACMG-AMP guidelines are the most widely used at the clinical level to determine the clinical relevance of a variation, according to these, determining whether a variation is in a hotspot is a criterion - criterion PM1 of the guidelines - that indicates moderate evidence of pathogenicity. The information related to the location of hotspots is mainly found in the literature, which makes it difficult to locate the variations found in one of these regions, and the possible automation of this criterion. For this reason, the aim of this Final Degree Project is to design and develop a hotspot data source using the phenotypes associated with familial heart disease as a use case. The design phase of this data source started with the characterization of a hotspot and the definition of the structure of this data source, selecting the information of interest from the literature. After this, we collaborated in the development of a web page that would gather all the information and would be friendly for the experts. Finally, a evaluation of the results was carried out based on the comparison of the results with those extracted in a real case and their further analysis.

[CAT] Els hotspots son regions del ADN molt susceptibles de ser mutades per una inestabilitat inherent, una tendència al entrecreuament desigual o una predisposició química a substitucions de nucleòtids simples. Les guies ACMG-AMP del 2015 son les més emprades a nivell clínic per a determinar la rellevància clínica d’una variació, d’acord amb estes, el determinar si una variació es troba en un hotspot es un criteri – criteri PM1 de les guies – que indica una evidencia moderada de patogenicitat. La informació relacionada amb la localització dels hotspots es troba principalment en la literatura, qüestió que dificulta la localització de les variacions que es troben en una de eixes regions, i la possible automatització del criteri. Per aquest motiu, el objectiu de este Treball Final de Grau es dissenyar i desenvolupar una font de dades de hotspots utilitzant com cas d’us els fenotips associats a cardiopaties familiars. La fase de disseny de esta font de dades començà amb la caracterització de un hotspot i la definició de la estructura de aquesta font de dades, seleccionant la informació d’interès de la literatura. A més, es col·laborà en el desenvolupament d’una pàgina web que reflexa tota la informació replegada i que resultés amigable per als experts. Per últim, es realitzà una avaluació dels resultats basada en la comparació de estos amb els extrets de casos reals i el seu posterior anàlisi.