Diseño y desarrollo de un pipeline para el análisis de variaciones genómicas asociadas a distrofias hereditaria de retina

Abstract

[ES] Las distrofias hereditarias de retina (DHR) son un grupo de trastornos genéticos que afectan la retina y que pueden causar pérdida de visión progresiva. Con el avance de las técnicas de secuenciación de nueva generación (NGS), se ha abierto la posibilidad de realizar una identificación más precisa de las variaciones presentes en el genoma de un individuo. Sin embargo, este avance tecnológico ha dado lugar a una gran cantidad de información, planteando así el desafío de determinar qué datos son relevantes y cómo evaluarlos para comprender el impacto clínico de las diferentes variaciones genómicas. En este contexto, se plantea la necesidad de combinar el conocimiento genético con herramientas bioinformáticas para determinar qué variaciones genéticas son relevantes en un paciente con una determinada enfermedad. Para conseguir este objetivo, resulta fundamental el desarrollo de pipelines personalizados que tengan en cuenta las particularidades de la enfermedad genética de estudio. Este Trabajo Fin de Máster se centra en cubrir las necesidades detectadas en el dominio concreto de las DHR, siendo el objetivo principal el diseño y desarrollo de un pipeline bioinformático para el análisis de variaciones genómicas asociadas a las DHR, destacando la importancia de obtener un pipeline robusto y eficiente que pueda procesar grandes volúmenes de datos de secuenciación de manera sistemática y reproducible. El diseño y desarrollo de este pipeline constará de varios pasos clave. Primero, se recopilarán datos de diversas bases de datos relevantes para la clasificación, seleccionadas en conjunto con expertos clínicos en DHR. Tras esto, se aplicará un filtrado para realizar la selección de las variantes más prometedoras, seguido de una clasificación según su relevancia clínica basado en la evaluación de múltiples criterios, como pueden ser la evidencia de patogenicidad o la concordancia con la literatura científica previa. Este enfoque busca ofrecer una estrategia integral y personalizada para la clasificación de variaciones genéticas en DHR, con el objetivo de impulsar la implementación de la medicina de precisión en el manejo de enfermedades genéticas hereditarias.

[EN] Hereditary retinal dystrophies (HRDs) are a group of genetic disorders that affect the retina and can cause progressive vision loss. With the development of next-generation sequencing (NGS) techniques, the possibility of more precise identification of the variations present in an individual's genome has been opened up. However, this technological advance has resulted in an extensive amount of information, thus posing the challenge of determining which data are relevant and how to evaluate them in order to understand the clinical impact of different genomic variations. In this context, the need arises to combine genetic knowledge with bioinformatics tools to determine which genetic variations are relevant in a patient with a given disease. To achieve this goal, it is essential to develop personalized pipelines that consider the particularities of the genetic disease under study. This Master's Thesis focuses on covering the needs detected in the specific domain of HRD, the main objective being the design and development of a bioinformatics pipeline for the analysis of genomic variations associated with HRD, highlighting the importance of obtaining a sturdy and efficient pipeline that can process large volumes of sequencing data in a systematic and reproducible way. The design and development of this pipeline will consist of several key steps. Firstly, data will be collected from classification-relevant databases, selected in conjunction with clinical HRD experts. After this, filtering will be applied to select the most promising variants, followed by classification according to clinical relevance based on the assessment of multiple criteria, such as evidence of pathogenicity or concordance with previous scientific literature. This approach aims to provide a comprehensive and personalized strategy for the classification of genetic variants in HRD, with the goal of advancing the implementation of precision medicine in the management of inherited genetic diseases.