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Acceleration of short and long DNA read mapping without loss of accuracy using suffix array

RiuNet: Repositorio Institucional de la Universidad Politécnica de Valencia

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Acceleration of short and long DNA read mapping without loss of accuracy using suffix array

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Tárraga, J.; Arnau, V.; Martínez, H.; Moreno, R.; Cazorla, D.; Salavert Torres, J.; Blanquer Espert, I.... (2014). Acceleration of short and long DNA read mapping without loss of accuracy using suffix array. Bioinformatics. 30(23):3396-3398. doi:10.1093/bioinformatics/btu553.

Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem: http://hdl.handle.net/10251/48631

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Metadatos del ítem

Título: Acceleration of short and long DNA read mapping without loss of accuracy using suffix array
Autor:
Entidad UPV: Universitat Politècnica de València. Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular - Institut d'Instrumentació per a Imatge Molecular
Universitat Politècnica de València. Departamento de Sistemas Informáticos y Computación - Departament de Sistemes Informàtics i Computació
Fecha difusión:
Resumen:
HPG Aligner applies suffix arrays for DNA read mapping. This implementation produces a highly sensitive and extremely fast mapping of DNA reads that scales up almost linearly with read length. The approach presented here ...[+]
Palabras clave: Sequence analysis
Derechos de uso: Reconocimiento (by)
Fuente:
Bioinformatics. (issn: 1367-4803 ) (eissn: 1460-2059 )
DOI: 10.1093/bioinformatics/btu553
Editorial:
Oxford University Press (OUP): Policy B - Oxford Open Option B
Versión del editor: http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu553
Patrocinador:
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness [BIO2011-27069 ]
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness [PRI-PIBIN-2011-1289]
HPC4G initiative
Bull-CIPF Chair for Computational Genomics
Tipo: Artículo

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