Visualización y simulación de las interacciones de la red de proteínas del Potyvirus del tabaco

Abstract

[ES] En el marco de un trabajo en colaboración con el Grupo de Virología Evolutiva del IBMCP, y la Unidad de Biología Computacional del Centro Príncipe Felipe (CIPF), se está trabajando en la dilucidación de la red dinámica de interacciones entre las 11 proteínas que constituyen los potyvirus de la planta del tabaco. Este tipo de virus sirve de modelo para el estudio de otros virus semejantes, como el de la hepatitis C. El análisis posterior de la dinámica de la red (análisis de sensitividad, conectividad, dinámica reproductiva, etc.) se espera sirva para una comprensión de la capacidad del potyvirus para escapar a los mecanismos de protección puestos en marcha por la planta infectada y, del mismo modo, para detectar las interacciones más sensibles a efectos de combatir la reproducción del virus.

El trabajo mencionado corresponde a un proyecto a medio-largo plazo con muchas etapas intermedias. En el trabajo aquí propuesto se tratarán aspectos parciales, fundamentalmente relacionados con temas de estructuración y visualización de información en redes de interacciones. Se tratará sobre todo de trabajos de extensión y aplicación del software Cell Browser desarrollado en el CIPF. En el trabajo se plantean varios subobjetivos:

- Extensión de Cell Browser para poder implementar la red de interacciones de las proteínas del potyvirus.

- Implementación de medidas de la red. Existen en la literatura toda una serie de métricas que permiten el análisis topológico de redes. Las medidas para redes no dirigidas son aplicables en la red bajo estudio. Desde el punto de vista didáctico, en esta parte se tratará sobre el análisis topológico de redes.

[EN] As part of a collaboration with the Group of Evolutionary Virology IBMCP, and Computational Biology Unit Prince Felipe Center (CIPF), it is working on the elucidation of the dynamic network of interactions among 11 proteins that constitute the Plant potyvirus snuff. This type of virus is a model for the study of other viruses such as hepatitis C. Subsequent analysis of network dynamics (sensitivity analysis, connectivity, reproductive dynamics, etc.) is expected to serve for understanding potyvirus's ability to escape protection mechanisms implemented by the infected plant and, likewise, to detect the most sensitive in order to combat the virus from reproducing interactions.

The work mentioned corresponds to a project in the medium to long term with many intermediate stages. At work here proposed partial aspects will be discussed mainly issues related to structuring and displaying information in networks of interactions. It will be especially extension work and implementation of the Cell Browser software developed in the CIPF. There sub-objectives are:

- Cell Browser Extension to implement the network of interactions between proteins potyvirus.

- Implementation of measures in the network. In the literature, exists a series of metrics to the topological analysis of networks. The measures for undirected are applicable to the network under study. From the educational point of view, this part will be discussed on the topological analysis of networks.