Secuenciación por RNA-Seq y análisis de transcriptoma de células neuroblastoma humano SH-SYSY tratadas con ácido retinoico

Abstract

[EN] Neuroblastoma is the most common extracranial solid tumor in in infants, which originates from primordial neural crest cells that migrate in the embryo to form sympathetic ganglions and adrenal RESUMEN medulla. Differentiating agents are able to induce neuronal differentiation, like retinoic acid (RA), which is used as a treatment for this tumoral type. Studies in our lab have revealed that RA treatment in human neuroblastoma cells SH-SYSY induce cellular diferentiation through two microRNAs, miR-lOa and miR-lOb, also neuronal differentiation markers have detected by TaqMan MicroRNA arrays. Given that this method is restricted to the analysis of probes in the array. in the present study we have perfomed RNA sequencing of SH-SYSY cells treated with RA during O, 24 and 48 hours using RNA-Seq using SOLiO tecnology, with the aim of extracting a greater amount of information that could be used to detect new RA targets and actions. Previously to secuencing, we quantified the induction of miRlOa and miR-lOb through RT-PCR, as a cellular differentiation marker. After sequencing, we have perfomed a bioinformatic anlysis of the reads obtained for each condition. This analysis has allowed for the generation of a list of genes which are under or overexpressed in each of the conditions analyzed. Finally, we classified the identified genes by their Gene Ontology terms in order to determine the signaling routes involved in RA-mediated differentiation of SH-SYSS cells.

[ES] El neuroblastoma es el tumor sólido extracraneal más común en la infancia, que se origina a partir de las células de la cresta neural que emigran en el embrión para formar los ganglios simpáticos y la médula adrenal. Existen agentes diferenciadores inductores la diferenciación neuronal, como el ácido retinoico (RA), que se utiliza como tratamiento en este tipo de tumoral. Estudios realizados en nuestro laboratorio han revelado que el tratamiento de células de neuroblastoma humano SH-SYSY con RA induce la diferenciación celular mediante dos microRNAs, miR-10 y miR-10b; a la vez que se detectaron marcadores de diferenciación neuronal mediante TaqMan MicroRNA arrays. Dado que este método permite un análisis restringido a las sondas presentes en el mismo, en el presente trabajo se ha procedido a la secuenciación de RNA, procedente de células SH-SYSY tratadas con RA durante O, 24 y 48 horas, mediante RNA-Seq utilizando la tecnología SOLiO con el fin de extraer un mayor volúmen de información para conocer nuevas dianas y acciones del RA. Previamente a la secuenciación, se ha realizado una cuantificación de la inducción de miR-lOa y miR-lOb mediante RT-PCR, que serán un indicador de la diferenciación celular. Tras la secuenciación, se ha realizado un análisis bioinformático de las lecturas obtenidas en el cuál se han obtenido valores de expresión génica en cada condición, lo que ha permitido generar listas de genes sobre e infraexpresados en cada una de las condiciones, que posteriormente se clasificarán en términos Gene Ontology para conocer en qué rutas bioiÓQicas están implicados.