Diseño e implementación de un analizador de biosecuencias: Análisis de subsecuencias de repetición

Abstract

[ES] En el presente TFG se desarrollará un analizador de secuencias de carácter bioquímico (fundamentalmente, secuencias de ADN y de ARN) para la búsqueda de posibles mutaciones debidas a la repetición de subsecuencias. El marco teórico de este trabajo se basa en la utilización de gramáticas formales (incontextuales y regulares) y de los algoritmos de análisis eficientes para ellas. El analizador se desarrollará en JAVA y se pretende obtener una herramienta que trabaje en modo "stand-alone". Posteriormente, se evaluará su posible integración en un website para su ejecución en red.

[EN] In the present project, a sequence analyzer biochemical character develops mainly of sequences of deoxyribonucleic acid (DNA) and ribonucleic acid (RNA), to search for possible mutations due to repetition of subsequences. The theoretical framework of this paper is based on the use of formal languages (context-free and regular) and analysis of efficient algorithms for these languages. The analyzer is developed in the Java programming language, with it is to obtain a tool that works in stand- alone mode. Subsequently, possible integration will be evaluated on a website to run on network.