Diseño e implementación de un analizador de biosecuencias: Análisis de mutaciones en nucleótidos

Abstract

[ES] En el presente Trabajo Fin de Grado se desarrollará un analizador de secuencias de carácter bioquímico (fundamentalmente, secuencias de ADN y de ARN) para la búsqueda de posibles mutaciones debidas a la modificación, eliminación e inserción de nucleótidos. El marco teórico de este trabajo se basa en la utilización de gramá- ticas formales (incontextuales), autómatas finitos y algoritmos de análisis eficientes previamente formulados. El analizador se desarrollará en Java y se pretende obtener una herramienta que trabaje en modo standalone. Posteriormente, se evaluará su posible integración en un website para su ejecución en red.

[EN] The aim of this thesis is to develop a tool for analyzing biochemical sequences (specially DNA and RNA sequences) in order to find potential mutations caused by the modification, deletion or insertion of nucleotides. The theoretical framework of this project is based on the usage of context-free grammars, finite-state automata, and efficient analysis algorithms previously formulated. Said tool is to be developed using Java and it should work as standalone software. Subsequently, its integration in a website for use in a network will be evaluated