Ribozimas tipo Hairpin en el genoma de arroz revelan una antigua integración de un satélite viral de RNA

Abstract

[EN] Catalytic RNAs or ribozymes are considered survivors o f an hypothetic pre - biotic RNA world that would ha ve remained conserved in today organisms’ genomes. Most of the known catalytic RNA are short self - cleaved motifs like Hammerhead or Hepatitis -  ribozymes that frequently are associated to circular RNA patho gens like viroids and virus satellites. Recently we have discovered the widespread existence of this ribozymes on both eukaryotic and prokaryotic DNA genomes with unknown biological roles in them. As an exceptional case, the Hairpin ribozyme has only being described in only three viral plant satellites. Following bioinformatics approaches we have revealed in this work two new examples of hairpin ribozyme, in rice genome ( Oryza sativa ) and in a circular RNA viral satellite of m ulberry (Morus australis ). The rice Hairpin ribozyme was found in a repetitive region ( a monomer of 466 nt ) that was also found to encode a Hammerhead ribozyme in the opposite polarity. This data, as well as its genomic location, near to a rice pararetrovirus sequence, suggest a genomic insertion event of a satellite virus in the rice genome. Biochemi cal , structural and evolutionary features of th ese two new genomic ribozymes in rice were analyzed

[ES] Los RNAs catalíticos o ribozimas se consideran supervivientes del mundo pre-biótico de RNA que habrían permanecido en los genomas de organismos actuales. La mayoría de los RNAs catalíticos conocidos son pequeños motivos de autocorte, como las ribozimas Hammerhead o Hepatitis-, que frecuentemente se asocian a patógenos circulares de RNA como viroides y satélites de virus de plantas. Recientemente hemos encontrado que hay en realidad multitud de estos ribozimas en genomas de DNA, tanto procarióticos como eucarióticos, con funciones biológicas desconocidas. Como caso excepcional, la ribozima tipo Hairpin solo se ha descrito en 3 satélites virales de plantas. Siguiendo aproximaciones bioinformáticas, en este trabajo hemos detectado dos nuevos ejemplos de la ribozima Hairpin; en el genoma de arroz (Oryza sativa) y en un RNA circular tipo satélite viral de morera (Morus australis). La ribozima Hairpin de arroz se halló en una región repetitiva (333 nt) que también codifica una ribozima Hammerhead en la polaridad opuesta. Estos datos, así como su localización genómica, muy cerca de secuencias de pararetrovirus, sugieren un antiguo evento de inserción genómica de un satélite de tipo viroidal en arroz. Las particularidades bioquímicas, estructurales y evolutivas de las ribozimas genómicas de arroz se analizaron con detalle.