Escuela de Doctorado
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- PublicationDiffractive corneal inlay for presbyopia(John Wiley & Sons, 2017) Furlan, Walter D.; Garcia-Delpech, Salvador; Udaondo, Patricia; Remón Martín, Laura; Ferrando Martín, Vicente; Monsoriu Serra, Juan Antonio; Departamento de Física Aplicada; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Aeroespacial y Diseño Industrial; Centro de Tecnologías Físicas: Acústica, Materiales y Astrofísica; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural; Escuela de Doctorado; Generalitat Valenciana; Ministerio de Economía, Industria y Competitividad[EN] A conceptually new type of corneal inlays for a customized treatment of presbyopia is presented. The diffractive inlay consists on a small aperture disc having an array of micro-holes distributed inside the open zones of a Fresnel zone plate. In this way, the central hole of the disc lets pass the zero order diffraction and produces an extension of the depth of far focus of the eye, while the diffracted light through the holes in the periphery produce the near focus. Additionally, the micro-holes in the inlay surface fulfill the essential requirement of allowing the flow of nutrients through it to the cells of the corneal stroma. Theoretical and optical-bench experimental results for the polychromatic axial Point Spread Function (PSF) were obtained, showing an improved performance compared to the small aperture corneal inlay currently in the market (Kamra). Images of a test object, obtained at several vergences in the surroundings of the far and near foci, are also shown. Picture: Simulation of the appearance of the Diffractive corneal inlay on a real eye.
- PublicationA fast method to evaluate in a combinatorial manner the synergistic effect of different biostimulants for promoting growth or tolerance against abiotic stress(Springer (Biomed Central Ltd.), 2022-09-15) Benito, Patricia; Ligorio, Daniele; Bellón, Javier; Yenush, Lynne Paula; Mulet Salort, José Miguel; Instituto Universitario Mixto de Biología Molecular y Celular de Plantas; Departamento de Biotecnología; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural; Escuela de Doctorado; CALDIC IBERICA, S.L.; Universitat Politècnica de València; Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial[EN] Background: According to the most popular defnition, a biostimulant is any substance or microorganism applied to plants with the aim to enhance nutrition efciency, abiotic stress tolerance and/or crop quality traits, regardless of its nutrient content. Therefore, a biostimulant can help crops to withstand abiotic stress, while maintaining or even increasing productivity. We have previously designed a sequential system, based on two diferent model organisms, the baker¿s yeast Saccharomyces cerevisiae and the plant Arabidopsis thaliana, to evaluate the potential of diferent natural extracts as biostimulants employing a blind-test strategy. Results: In this report, we further expand this concept to evaluate diferent biostimulants in a combinatorial approach to reveal the potential additive, synergistic or antagonistic efects of diferent combinations of biostimulants in order to design new formulations with enhanced efects on plant growth or tolerance to abiotic stress. The method is based on yeast assays (growth tests in solid medium, and continuous growth in liquid cultures) and plant assays (mass accumulation in hydroponic culture) to assess efects on early growth. Conclusions: With this novel approach, we have designed new formulations and quantifed the ability to enhance growth and promote biomass accumulation under normal conditions and in the presence of abiotic stresses, such as drought, salinity or cold. This method enables a fast screen of many diferent products in a combinatorial manner, in order to design novel formulations of natural extracts with biostimulant potential.
- PublicationCaracterización de genes del Sistema Nervioso Central relacionados con IRS2 y la diabetes(Universitat Politècnica de València, 2017-09-05) Martínez Miralles, Alberto; Yenush, Lynne Paula; Burks, Deborah; Instituto Universitario Mixto de Biología Molecular y Celular de Plantas; Departamento de Biotecnología; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural; Escuela de Doctorado[ES] La diabetes mellitus de tipo 2 es una enfermedad metabólica que se caracteriza por defectos tanto en la acción de la insulina como en la secreción de insulina. La insulina es una hormona clave en la regulación del metabolismo energético y de la glucosa en el cuerpo. Actúa estimulando las células del hígado, músculo y grasa para incorporar la glucosa de la sangre y almacenarla como glucógeno en el hígado y músculo y además se ha demostrado que juega un papel clave en otros tejidos como el cerebro donde se ha señalado una posible relación entre resistencia a insulina y Alzheimer. Los efectos celulares de la insulina están mediados principalmente por las proteínas IRS (del inglés Insulin Receptor Substrate). Los receptores de insulina fosforilan y activan las proteínas IRS que actúan como sitios de unión para las distintas moléculas de señalización que orquestan la respuesta celular a insulina. La familia de las proteínas IRS está formada por 4 miembros: IRS1, IRS2, IRS3 y IRS4. La forma IRS2 presenta un determinado dominio que el resto de componentes de la familia no poseen y le permite interaccionar con el dominio con actividad quinasa del receptor de insulina. Además, IRS2 está presente en todos los tejidos del organismo humano y de ratón. Los ratones mutantes para IRS2 (KO) presentan defectos en la señalización por insulina y la masa de las células β del páncreas disminuye. La pérdida de IRS2 en ratones provoca un fenotipo diabético caracterizado por machos obesos y hembras obesas e infértiles. En todos los casos se observa un cerebro de tamaño reducido, con una disminución del 50% en la proliferación neuronal y un aumento en la hiperfosforilación de la proteína Tau, marcador de neurodegeneración. El objetivo principal se basa en determinar si existe alguna relación entre la ausencia de IRS2 y la expresión de distintos genes en el sistema nervioso central (SNC) relacionados con patologías neurológicas, estrés oxidativo y apoptosis (Phgdh, Commd9, Atm, Nrf2, etc). Para ello se analizará el perfil transcripcional de cerebros de ratones wild type y knock out para IRS2, con el objetivo de definir cambios relacionados con la progresión de la hiperglicemia y envejecimiento en machos y hembras en este modelo animal de la diabetes tipo 2.
- PublicationDevelopment of Bimolecular Fluorescence Complementation reagents for the detection of Arabidopsis thaliana KAT1 protein-protein interactions using the Golden Braid cloning system(Universitat Politècnica de València, 2016-07-15) Mossi Albiach, Alejandro; Yenush, Lynne Paula; Instituto Universitario Mixto de Biología Molecular y Celular de Plantas; Departamento de Biotecnología; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural; Escuela de Doctorado[EN] KAT1 is an Arabidopsis thaliana potassium voltage-gated channel of the Shaker family. This ion channel is fundamental for the control of membrane conductance in guard cells, leading to stomatal opening or closing in response to environmental changes. The stomatal movement controls the gas exchange, as well as the amount of water lost due to transpiration. Therefore, the underlying mechanisms of these stomatal movements will likely be influenced by proteins that regulate KAT1 activity. The Shaker channels have been proposed to form functional channels associating into heterotetramers or homotetramers, but our knowledge regarding regulators of these potassium channels is very limited. From a previous yeast-based high-throughput screening performed in our laboratory, a list of 14 possible KAT1 interacting proteins was obtained. To determine the physiological relevance of the identified interacting proteins, these interactions need to be confirmed in plant cells. The Bimolecular Fluorescence Complementation (BiFC) technique is based on YFP’s ability to recover its fluorescence upon physical approximation of its two halves. Using this technique, both the validity of the KAT1 interacting proteins and also the subcellular location of these interactions in the plant can be analyzed by confocal microscopy. GoldenBraid is a cloning system that allows the modular construction of multigenic DNA structures, and it provides a fast and efficient platform to assemble all the required pieces for the BiFC analysis and to insert them into a single multigenic construction. GoldenBraid is flexible enough to allow the construction of all desired fusion protein combinations. A well-established BiFC cloning procedure will be fundamental to study the protein-protein interactions of the candidate proteins because of the large number of possible combinations of fusion proteins required for these analyses (8 combinations for each interaction). On the one hand, this project developed and implemented the KAT1 sequence as a GoldenBraid part and it was successfully tested in Nicotiana benthamiana using Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation followed by confocal microscopy. And on the other hand, non-functional combinations for the BiFC assay were studied analyzing the expression and localization of KAT1-YFP and YFP-KAT1 fusion proteins which led to discard N-terminal fusions with KAT1.
- PublicationPurificación, cristalización y caracterización de homólogos de IMPACT: una proteína implicada en control de la traducción en condiciones de estrés(Universitat Politècnica de València, 2015-10-21) González García, Ana María; Yenush, Lynne Paula; Bravo Sicilia, Jeronimo; Instituto Universitario Mixto de Biología Molecular y Celular de Plantas; Departamento de Biotecnología; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural; Escuela de Doctorado[ES] El objetivo del proyecto es estudiar y comprender el control de la expresión génica en células eucariotas en situaciones de estrés. La traducción es un complejo proceso que requiere un amplio número de factores para lograr la síntesis de una determinada proteína a partir de un mRNA transcrito. La traducción tiene lugar en tres fases, iniciación, elongación y terminación. Durante la fase de iniciación y bajo inanición aminoacídica, uno de los factores de participantes, elF2a, es fosforilado por Gcn2, provocando un cambio funcional de sustrato a inhibidor de dicho factor en el proceso. Así, aunque la síntesis general de proteínas se ve disminuida en estas condiciones, se produce un incremento en el flujo de específicos activadores transcripcionales que se encargan de mantener la homeostasis aminoacídica con la expresión de genes biosintéticos. Esto es llamado control general de aminoácidos, donde la escasez de uno de ellos estimula el incremento en la síntesis de los 20 amino ácidos. Gcn2 es activado ante múltiples estímulos de estrés, incluyendo inanición de amino ácidos, inanición de purinas, rayos UV, NO¿, toxicidad por sodio¿ Pero este estudio se centra en el primero, el mecanismo de activación de Gcn2 por la inanición aminoacídica. La presencia de niveles insuficientes de amino ácidos en la célula, incrementa la concentración celular de RNAt libre o no cargado que se une a Gcn2 provocando su activación. Por otra parte Gcn2 sufre numerosas modificaciones postraduccionales por diversas proteínas que modulan su interacción o afinidad de unión con RNAt. La capacidad de Gcn2 de activarse ante tal situación depende en gran medida de su interacción con Gcn1. Esta es una proteína de gran tamaño (297 kDa), y dada su similitud con el factor de elongación 3 (eEF3), se cree que dicha proteína actúa facilitando la transferencia de RNAt desde el ribosoma al dominio de unión de RNAt en Gcn2, activando su dominio kinasa. Sin la interacción con Gcn1, Gcn2 es incapaz de responder al incremento de niveles de RNAt no cargado. IMPACT es una proteína muy conservada en eucariotas que participa en el inicio de la traducción inhibiendo Gcn2 por competencia, secuestrando a su ligando celular Gcn1. Yih1 es el ortólogo de IMPACT en levadura. Yih1 posee dos dominios, N-terminal RWD y un dominio C-terminal, llamado Antiguo y muy conservado en todos los niveles de seres vivos. Esta gran conservación de este dominio a lo largo de la evolución, así como es caso de IMPACT en eucariotas, indica que este debe jugar un papel de gran importancia en la célula. Aunque Gcn2 y Yih1 no parecen compartir una elevada homología de tu completa secuencia, las regiones de Gcn2 importantes en la interacción con Gcn1 son similares a las de Yih1. Ha sido previamente demostrado que Yih1 es capaz de interaccionar con Gcn1 en la misma zona que Gcn2, se manera que se propone la función de Yih1 como un regulador negativo de Gcn2, compitiendo con la interacción entre Gcn2 y Gcn1. De esta forma este dominio C-terminal o Antiguo parece tener un papel regulador modulando la interacción Yih1-Gcn1, lo que tiene un efecto directo en la modulación de la activación de Gcn2. Yih es capaz de interaccionar con una gran variedad de proteínas dentro de la célula, así como de manera específica con Gcn1, siendo ésta la que de alguna forma reduce o regula la activación de Gcn2, pudiendo ocurrir que Yih1 se encuentre secuestrada de en condiciones normales, o que solo sea capaz de interaccionar con Gcn1 al alcanzar una determinada concentración. En condiciones normales Yih1 se encuentra en estado inactivado para esta interacción, ya que se encuentra interaccionando con actina globular. De esta forma, ante la liberación de Yih1 de su interacción con actina, se previene de alguna forma la interrupción total en la síntesis de amino ácidos y se proporciona una constante síntesis a nivel basal de amino ácidos.
- PublicationClassification of UAV-based photogrammetric point clouds of riverine species using machine learning algorithms: a case study in the Palancia river, Spain(ISPRS, 2020-09-02) Carbonell Rivera, Juan Pedro; Estornell Cremades, Javier; Ruiz Fernández, Luis Ángel; Torralba Pérez, Jesús; Crespo Peremarch, Pablo; Departamento de Ingeniería Cartográfica Geodesia y Fotogrametría; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Geodésica, Cartográfica y Topográfica; Escuela Politécnica Superior de Gandia; Escuela de Doctorado; Grupo de Cartografía Geoambiental y Teledetección[EN] The management of riverine areas is fundamental due to their great environmental importance. The fast changes that occur in these areas due to river mechanics and human pressure makes it necessary to obtain data with high temporal and spatial resolution. This study proposes a workflow to map riverine species using Unmanned Aerial Vehicle (UAV) imagery. Based on RGB point clouds, our work derived simple geometric and spectral metrics to classify an area of the public hydraulic domain of the river Palancia (Spain) in five different classes: Tamarix gallica L. (French tamarisk), Pinus halepensis Miller (Aleppo pine), Arundo donax L. (giant reed), other riverine species and ground. A total of six Machine Learning (ML) methods were evaluated: Decision Trees, Extra Trees, Multilayer Perceptron, K-Nearest Neighbors, Random Forest and Ridge. The method chosen to carry out the classification was Random Forest, which obtained a mean score cross-validation close to 0.8. Subsequently, an object-based reclassification was done to improve this result, obtaining an overall accuracy of 83.6%, and individually a producer¿s accuracy of 73.8% for giant reed, 87.7% for Aleppo pine, 82.8% for French tamarisk, 93.5% for ground and 80.1% for other riverine species. Results were promising, proving the feasibility of using this cost-effective method for periodic monitoring of riverine species. In addition, the proposed workflow is easily transferable to other tasks beyond riverine species classification (e.g., green areas detection, land cover classification) opening new opportunities in the use of UAVs equipped with consumer cameras for environmental applications.
- PublicationFinite Element Models of Gold Nanoparticles and Their Suspensions for Photothermal Effect Calculation(MDPI AG, 2023-02-09) Terrés Haro, José Manuel; Monreal Trigo, Javier; Hernández Montoto, Andy; Ibáñez Civera, Francisco Javier; Masot Peris, Rafael; Martínez Mañez, Ramón; Departamento de Ingeniería Electrónica; Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Telecomunicación; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Aeroespacial y Diseño Industrial; Departamento de Química; Instituto Universitario de Automática e Informática Industrial; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Industrial; Instituto Interuniversitario de Investigación de Reconocimiento Molecular y Desarrollo Tecnológico; Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular; Escuela de Doctorado; European Commission; GENERALITAT VALENCIANA; AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACION; MINISTERIO DE CIENCIA E INNOVACION; Universitat Politècnica de València[EN] (1) Background: The ability of metal nanoparticles to carry other molecules and their electromagnetic interactions can be used for localized drug release or to heat malignant tissue, as in the case of photothermal treatments. Plasmonics can be used to calculate their absorption and electric field enhancement, which can be further used to predict the outcome of photothermal experiments. In this study, we model the nanoparticle geometry in a Finite Element Model calculus environment to calculate the effects that occur as a response to placing it in an optical, electromagnetic field, and also a model of the experimental procedure to measure the temperature rise while irradiating a suspension of nanoparticles. (2) Methods: Finite Element Method numerical models using the COMSOL interface for geometry and mesh generation and iterative solving discretized Maxwell's equations; (3) Results: Absorption and scattering cross-section spectrums were obtained for NanoRods and NanoStars, also varying their geometry as a parameter, along with electric field enhancement in their surroundings; temperature curves were calculated and measured as an outcome of the irradiation of different concentration suspensions; (4) Conclusions: The results obtained are comparable with the bibliography and experimental measurements.
- PublicationEstudio de la resiliencia en dos líneas comerciales de conejos(Universitat Politècnica de València, 2020-07-11) Bono Pedralva, Paula; Santacreu Jerez, María Antonia; Casto Rebollo, Cristina; Departamento de Ciencia Animal; Instituto Universitario de Ciencia y Tecnología Animal; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural; Escuela de Doctorado[ES] La resiliencia, que es la capacidad de los animales a hacer frente a los cambios en el ambiente, está relacionada con la mayor o menor sensibilidad al estrés y a las enfermedades. El objetivo del presente trabajo es estudiar algunos biomarcadores de resistencia a enfermedades antes y después de la vacunación contra la enfermedad vírica hemorrágica (RHD) en dos líneas maternas de conejos, una línea fundada con criterios de longevidad (línea B) y una línea de longevidad estándar (línea A). Antes de la vacunación (0 horas), la línea A presentó una mayor concentración de proteína C reactiva basal (PCR) que la línea B (+44.4998 ¿g/ml, P = 1.00). Está mayor concentración de PCR en la línea A antes de la vacuna indicaría una mayor respuesta inflamatoria y por tanto una mayor sensibilidad a los factores ambientales estresantes. Setenta y dos horas (72 h) después de la vacunación, la línea A seguía mostrando mayor concentración de PCR (+25.89 ¿g/ml), no obstante, la línea B mostró una respuesta más elevada tras la inyección de la vacuna que la línea A (+15.22 ¿g/ml); esta mayor respuesta en la línea B estaría relacionado con una buena respuesta inflamatoria. Para la proteína de complemento C3, no se han detectado diferencias entre las líneas en los dos momentos estudiados. En lo que respecta a la bilirrubina, no hay bastantes evidencias de la existencia de diferencias entre ambas líneas antes de la vacunación (P = 0,73), no obstante, la línea A mostró niveles de bilirrubina más bajos que la línea de B después de la vacunación (-0,1745 ¿mol/l, P = 0,96). Esta débil respuesta observada en la línea A podría justificarse debido a una mayor sensibilidad a las enfermedades. Ambas líneas mostraron concentraciones similares de triglicéridos y colesterol antes y después de la vacunación, pero la respuesta a la vacunación fue mayor en la línea B que en la línea A para los triglicéridos (+0.056 ¿mol/l), lo que está relacionado con una buena respuesta del metabolismo hepático en la lucha contra infecciones y la reducción de inflamaciones. En conjunto, los biomarcadores estudiados presentaron mejores resultados en la línea B lo que indicaría que los animales de esta línea presentan una mayor resiliencia.
- PublicationAnàlisi d'un projecte d'habitatge unifamiliar aïllat sostenible. Utilitzem les 4R: reducció, reutilització, reciclatge i rehabilitació?(Universitat Politècnica de València, 2016-09-30) Bou Ferris, Empar Pilar; Iborra Lucas, Milagro; Departamento de Construcciones Arquitectónicas; Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Edificación; Escuela de Doctorado; Centro de Investigación de Tecnología de la Edificación[ES] Tot està lligat, i cada vegada més veus s'uneixen, necessitem decréixer, un dels lemes que més s'està escoltant últimament és «ALL YOU NEED IS LESS» necessitem ser conscients dels recursos naturals que ens dóna la terra, no són infinits; necessitem ser més sostenibles a l'hora de viure. Hem de construir habitatges més sostenibles, però què és un habitatge sostenible? Aquesta és una de les qüestions que es plantejarà i s’intentarà resoldre donant unes estratègies que ens permeten aconseguir el nostre fi i posteriorment poder comprovar-ho. S’analitzarà un habitatge sostenible i es demostrarà, que amb aquesta tipologia d'habitatge s’és més sostenible i respectuós amb el que ens envolta i es contribueix en aquest decreixement tan necessari en la nostra societat, tanmateix es demostrarà que aquest tipus d'habitatges no tenen un pressupost més elevat que en els altres habitatges més «normals».
- PublicationFast fashion y la implementación de la economía circular en el sector de la moda: un análisis comparativo de Shein e Inditex(Universitat Politècnica de València, 2023-09-21) Aviñó Llácer, Sofía; García Ortega, Beatriz; Catalá Pérez, Daniel; Departamento de Organización de Empresas; Facultad de Administración y Dirección de Empresas; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Informática; Escuela de Doctorado[ES] En el presente trabajo, se realizará un estudio sobre el fast fashion y sus impactos económicos, sociales y medioambientales, analizando a los dos líderes en el sector: Shein e Inditex. Se analizarán las responsabilidades sociales corporativas de ambas empresas para observar qué políticas están siguiendo. Y, finalmente, se propondrá un modelo de economía circular como solución a las consecuencias negativas del fast fashion. También, se realizará una encuesta para conocer cuál es la percepción de los consumidores sobre las acciones que las empresas hacen para incentivar el consumo responsable y cómo se podrían mejorar sus estrategias.