Análisis de expresión de factores proinflamatorios e inmunológicos en carcinoma de células de Merkel

Abstract

[ES] El carcinoma de células de Merkel es un raro y agresivo tumor neuroendocrino cutáneo. Está relacionado con la exposición a radiación ultravioleta y a la infección por el polyomavirus de células de Merkel. A pesar del mal pronóstico, sobre todo si se ha producido metástasis, se están desarrollando nuevas estrategias para su tratamiento, siendo una de las más prometedoras la terapia de inhibición de puntos de control inmunitarios. En este sentido, la proteína de muerte programada (PD-1) es una de las principales dianas en el tratamiento actual, por lo que en este estudio evaluamos y relacionamos la expresión de genes del sistema inmune con la presencia de esta proteína. Igualmente, el infiltrado linfocitario tiene un valor predictivo tanto en el pronóstico como en el tratamiento de este tumor. Por ello, también se estudió el perfil de expresión inmune relacionándolo con la existencia de marcadores de infiltración, en este caso CD8. Adicionalmente buscamos diferencias de expresión entre tumores delimitados y mal delimitados (infiltrados). Por último, se sabe que la presencia del polyomavirus de células de Merkel en el tumor genera grandes diferencias con respecto a los negativos para dicho virus, por lo que valoramos qué genes inmunitarios están diferencialmente expresados. En este estudio se analizó tejido tumoral parafinado de 48 pacientes proveniente del biobanco de la Fundación Instituto Valenciano de Oncología (FIVO). Para ello, utilizamos la tecnología HTG EdgeSeq®, que aporta reproducibilidad y evita sesgos durante la preparación de las muestras, permitiendo análisis robustos a partir de cantidades pequeñas de tejido. Posteriormente se secuenció y analizó estadísticamente la expresión génica en función del número de transcritos de cada gen. Obtuvimos un total de 11 genes con expresión diferencial para PD-1 positivos, 1 gen para CD8 positivos, 11 genes para tumores infiltrados y 71 para tumores con infección viral. Adicionalmente pudimos agrupar las muestras en dos clases según la expresión de los 71 genes diferencialmente expresados en la condición de polyomavirus, aunque no se pudo asociar dicha separación con ninguna de las condiciones nombradas.

[EN] Merkel cell carcinoma is a rare and aggressive neuroendocrine skin cancer related to UV radiation and Merkel cell polyomavirus infection. Despite the poor prognostic, especially in metastatic cases, new strategies for treatment are being developed paying special attention to immune checkpoint inhibitors. In this way, programmed death protein 1 (PD-1) is one of the main targets in current treatment. Therefore, we evaluated and related immune genes expression with the presence of this protein. Similarly, lymphocytic infiltrate has a predictive value both in prognosis and treatment of this tumour. Hence, we also intended to study immune gene expression profile related to the existence of infiltration markers, in this case CD8. Additionally, we looked for differences in expression between delimited and poorly delimited tumours. Finally, it is known that the presence of Merkel cell polyomavirus in the tumour generates large differences compared to virus negative tumours. Thus, an evaluation regarding immune genes expression was addressed. In this study, 48 formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples were used from the biobank at Fundación Instituto Valenciano de Oncología (FIVO). HTG EdgeSeq® technology was used based on its unbiased reproducibility during sample preparation, thus allowing using small starting material. Subsequently, gene expression was sequenced and analysed obtaining the copy number for each gene. Our results showed 11 genes with differential expression in PD-1 positive tumours, 1 gene in CD8 positive, 11 genes in poorly delimited tumours and 71 genes differentially expressed in those with viral infection. Additionally, we were able to sort the samples into two categories according to the expression of the 71 genes obtained from polyomavirus condition, although this separation could not be associated with any of the named conditions.