Comparación de métodos de detección de selección positiva

Abstract

[ES] Las especies cultivadas son fruto de un proceso de domesticación en el que los agricultores han ejercido una selección artificial en búsqueda de caracteres agronómicos de interés. Este proceso de selección afecta a la estructura de la variación genética presente en estas especies. Por ejemplo, en una región genómica seleccionada por favorecer la aparición de frutos grandes se seleccionará un alelo concreto en detrimento del resto.

El objetivo de este trabajo es la comparación de diferentes software de búsqueda de marcas de selección a lo largo del genoma. La identificación de regiones que han sufrido selección podría utilizarse para localizar genes que son importantes durante el proceso de domesticación, información que puede resultar valiosa para los agricultores y mejoradores.

En este trabajo se utiliza el tomate cultivado, Solanum lycopersicum, para estudiar el efecto del proceso de selección en el genoma, ya que se dispone de alrededor de 2000 muestras de tomate genotipadas, tanto de variedades tradicionales europeas como de especies silvestres relacionadas.

[EN] Cultivated species are the result of a domestication process in which farmers have made an artificial selection, searching for agronomic characters of interest. This selection process affects the structure of the genetic variation present in these species. For example, in a genomic region selected because it favours the production of larger fruits, a specific allele will be selected above the rest.

The aim of this project is the comparison between different genome-wide selection detection softwares. The identification of regions that have undergone selection could be used to locate important genes for the domestication process, information that may be valuable for farmers and breeders.

In this work, the cultivated tomato, Solanum lycopersicum, is used to study the effect of the selection process on the genome, since there are about 2000 samples of genotyped tomato, both of traditional European varieties and of related wild species.