Diseño y validación de un panel de genes por hibridación y captura dirigido a neoplasias mieloides hereditarias

Abstract

[ES] Las Neoplasias Mieloides Hereditarias consisten en un grupo de trastornos hematológicos de considerable incidencia y con una demostrada base genética, encontrándose una predisposición a su desarrollo en la herencia de alteraciones en línea germinal de diversos genes. Es por ello que se propone el desarrollo como técnica de diagnóstico, de un panel de genes dirigido, con la finalidad de poder detectar aquellas variantes heredadas que predisponen al desarrollo de este tipo de patología. El empleo de paneles genéticos hoy día se considera de mayor rentabilidad diagnóstica que los exomas dirigidos, ya que permite realizar diseños más manejables y donde se puedan tener en cuenta las características propias de los genes estudiados.

Para el desarrollo del panel, se ha realizado un diseño custom, para lo cual se empezó por la realización de una revisión bibliográfica de los artículos relacionados con el tema para tratar de obtener la información más actual posible al respecto. Una vez seleccionados los genes diana, buscamos las regiones de interés de éstos -zonas exónicas, intrónicas situadas a +/- 10 nucleótidos, variantes de interés clínico situadas en regiones reguladoras... - a partir del manejo de la información extraída de diversas bases de datos, con el objetivo de acotar al máximo las regiones de interés, ya que el espacio que ofrecen los paneles custom es limitado.

Una vez completado el diseño, es necesario validar la primera versión del panel de genes dirigido a través de diversos análisis que permitirán la obtención de datos, con el objetivo de establecer su sensibilidad y especificidad, utilizando para ello líneas celulares Coriell con variantes detectadas y validadas mediante distintas aproximaciones de secuenciación masiva, de manera que se consideran como patrones para la técnica de NGS (Next Generation Sequencing). El proceso de validación del panel es necesario antes de su empleo como herramienta diagnóstica.

[EN] Hereditary Myeloid Neoplasms consist of a group of hematological disorders of considerable incidence and with a proven genetic base, finding a predisposition to their development in the inheritance of germline alterations of several genes. That is why we propose the development as a diagnostic technique, a directed gene panel, in order to detect those inherited variants that predispose to the development of this type of pathology. The use of genetic panels today is considered to be of greater diagnostic value than directed exomes, since it allows for more manageable designs and where the characteristics of the studied genes can be taken into account.

For the panel development, a custom design has been made, for which a bibliographic review of the articles related to the subject was started in order to obtain the most up-to-date information possible. Once the target genes have been selected, we look for the regions of interest of these - exonic, intronic zones located at +/- 10 nucleotides, variants of clinical interest located in regulatory regions ... - from the handling of the information extracted from various databases , with the aim of limiting regions of interest to the maximum, since the space offered by custom panels is limited.

Once the design is completed, it is necessary to validate the first version of the directed gene panel through various tests that will allow obtaining data, in order to establish its sensitivity and specificity, using Coriell cell lines with detected and validated variants using different approaches of massive sequencing, so that they are considered as standards for the NGS technique (Next Generation Sequencing). The validation process of the panel is necessary before its use as a diagnostic tool.