Identificación de Streptomyces productores de geosmina mediante métodos moleculares (FISH, qPCR)

Abstract

[ES] La geosmina es un metabolito secundario producido por el género Streptomyces. El gen GeoA (geosmina sintetasa) codifica la producción de este compuesto, que forma parte de los compuestos TOC. Este metabolito produce olores y sabores indeseados, siendo uno de los mayores problemas en la potabilización del agua. La aparición de geosmina supone un elevado coste en la depuración de agua y en la producción de vino y cerveza; ya que se requieren tratamientos con carbón activado, filtros biológicos u ozonización para eliminarlo. Por ello, el presente trabajo pretende detectar y cuantificar la presencia de estreptomicetos productores de geosmina a partir de métodos moleculares. En referencia a lo previamente expuesto, en este trabajo se quiso desarrollar métodos rápidos alternativos a los tradicionales de cultivo como las técnicas FISH o qPCR. En primer lugar, se procedió al cultivo de cepas de referencia y obtención de muestras problemas provenientes de una potabilizadora y fuentes de la Comunidad Valenciana. A continuación, se realizó la puesta a punto de FISH y qPCR para la detección e identificación del microorganismo y se estudiaron las muestras problemas. La técnica FISH se consideró como un método eficiente para la identificación de Streptomyces. Sin embargo, se determinó que la técnica qPCR permitía la detección de las especies del género Streptomyces productoras de geosmina pero no la cuantificación.

[EN] Geosmin is a secondary metabolite produced by the gender Streptomyces. The GeoA gene (geosmin synthetase) encodes the production of this compound, which is part of the TOC compounds. This metabolite produces unwanted odors and flavors, being one of the biggest problems in the purification of water. The appearance of geosmin supposes a high cost in the purification of water and in the production of wine and beer; treatments with activated carbon, biological filters or ozonation are required to eliminate it. Therefore, the present work has the purpose of determining and quantifying the presence of Streptomyces producing geosmin from molecular methods. In this case, the work develops alternative methods to traditional cultivation techniques such as FISH or qPCR. In the first place, the procedure of cultivation of reference strains and the obtaining of samples of problems of the water-treatment plant and the sources of Comunidad Valencia. Next, the launching of a FISH or qPCR was carried out for the detection and identification of the microorganism and the study of the sample problems. The FISH technique is used as an efficient method for the identification of Streptomyces. However, it was determined that the qPCR technique allowed the detection of geosminproducing Streptomyces species but not quantification.