Review. Promises, pitfalls and challenges of genomic selection in breeding program

Abstract

[EN] The aim of this work was to review the main challenges and pitfalls of the implementation of genomic selection in the breeding programs of different livestock species. Genomic selection is now one of the main challenges in animal breeding and genetics. Its application could considerably increase the genetic gain in traits of interest. However, the success of its practical implementation depends on the selection scheme characteristics, and these must be studied for each particular case. In dairy cattle, especially in Holsteins, genomic selection is a reality. However, in other livestock species (beef cattle, small ruminants, monogastrics and fish) genomic selection has mainly been used experimentally. The main limitation for its implementation in the mentioned livestock species is the high genotyping costs compared to the low selection value of the candidate. Nevertheless, nowadays the possibility of using single-nucleotide polymorphism (SNP) chips of low density to make genomic selection applications economically feasible is under study. Economic studies may optimize the benefits of genomic selection (GS) to include new traits in the breeding goals. It is evident that genomic selection offers great potential; however, a suitable genotyping strategy and recording system for each case is needed in order to properly exploit it.

[ES] El objetivo principal de este trabajo fue revisar las oportunidades y riesgos de la implementación de la selección genómica en las diferentes especies de producción animal. La selección genómica es actualmente uno de los principales retos en mejora genética animal. Su aplicación podría incrementar de forma considerable la tasa de ganancia genética en caracteres de interés. Sin embargo, el éxito de su implementación práctica depende de las particularidades de cada esquema de selección y por tanto debe ser estudiada para cada caso en concreto. En vacuno de leche, especialmente en Holstein, la selección genómica es una realidad. En el resto de especies de producción animal, vacuno carne, pequeños rumiantes, monogástricos y peces, la selección genómica, hasta ahora, se ha utilizado principalmente de manera experimental. El limitante principal para su implementación, común para todas las especies mencionadas, es el alto coste del genotipado en comparación con el bajo valor de los candidatos a la selección. No obstante, se está estudiando actualmente la posibilidad de utilizar chips de baja densidad, de manera que sea económicamente viable su aplicación. Serán necesarios estudios económicos para optimizar las ventajas de la selección genómica a la hora de incluir nuevos caracteres en los objetivos de selección. La selección genómica ofrece muchas posibilidades; sin embargo, para poder aprovecharlas es necesario adecuar la estrategia de genotipado y recolección de datos en cada caso.