Genotyping and fine mapping of the prickle trait in a S. melongena introgression line

Abstract

[EN] In this genotyping and fine mapping project of the prickle trait in a BC4 population of a S. melongena introgression line we Will take as our starting point the data obtained in a previous tomato and eggplant genotyping project using Single Primer Enrichment Technology in which it was observed that every single plant resulting from an advanced backcrossing between S. melongena and S. insanum showing introgressions in chromosome 6 had prickles in stem, leaves and calyx. Thus, in this project, we aim to use around 600 BC4 seeds coming from two different fruits of the same BC3 plant to obtain two different populations: plants with prickles and plants without them. After performing DNA extractions from all the plants, specific SNP markers for the region of the chromosome 6 to which the prickle trait was associated are intended to be developed and this region will be gradually delimited by means of genotyping the plants using High Resolution melting (HRM) technology. Finally, we expect to obtain a series of candidate genes to be responsible for the prickle trait in eggplant so as to analyze them in detail and to be able to discard those that are not related to this trait. Then, we will focus the study in those genes that may be related to prickles.

[ES] En este proyecto de genotipado y mapeo fino del carácter espinosidad en una población BC4 de una línea de introgresión de S. melongena se partirá de la información obtenida en un proyecto previo de genotipado de tomate y berenjena mediante Single Primer Enrichment Technology (SPET) en el cual se observó que todas las plantas resultantes de los retrocruces avanzados entre S. melongena y S. insanum que presentaban introgresiones en el cromosoma 6 tenían espinas en tallo, hojas y cáliz. Así pues, en este proyecto se propone utilizar unas 600 semillas BC4 provenientes de dos frutos distintos de una misma planta BC3 para obtener dos poblaciones distintas: plantas con espinas y plantas sin espinas. Después de realizar extracciones de ADN de todas las plantas se pretende desarrollar marcadores SNPs específicos para la región del cromosoma 6 a la que se asoció el carácter espinosidad y se irá acotando esta región genotipando las plantas mediante tecnología High Resolution Melting (HRM). Finalmente se espera obtener una serie de genes candidatos a ser responsables del carácter espinosidad en berenjena para analizarlos en detalle y poder descartar aquellos que no estén relacionados con este carácter. Luego centraremos el estudio en los genes que sí puedan estar relacionados con la espinosidad.