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Ensamblaje de transcriptomas y creación de una colección de genes ortólogos en especies silvestres relacionadas con el tomate

RiuNet: Institutional repository of the Polithecnic University of Valencia

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Ensamblaje de transcriptomas y creación de una colección de genes ortólogos en especies silvestres relacionadas con el tomate

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dc.contributor.advisor Blanca Postigo, José Miguel es_ES
dc.contributor.author Mateos Marcos, Carlos es_ES
dc.date.accessioned 2020-09-15T07:46:36Z
dc.date.available 2020-09-15T07:46:36Z
dc.date.created 2020-07-16
dc.date.issued 2020-09-15 es_ES
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10251/150070
dc.description.abstract [ES] El objetivo del presente Trabajo de fin de grado consiste en la generación de un catálogo de secuencias ortólogas en las especies silvestres relacionadas con el tomate cultivado, que incluye 13 especies de la sección Lycopersicon, así como 2 especies de la sección Lycopersicoides. Para estas especies se dispone de estudios de resecuenciación previos, pero no se han generado ensamblajes genómicos ni anotaciones para la mayoría de ellas por lo que no hay secuencias de transcritos disponibles. Por lo tanto, la estrategia adoptada ha consistido en ensamblar los transcriptomas de cada especie a partir de los datos de secuenciación de ARN localizados en los repositorios públicos de secuencias. En primer lugar, se evaluó la calidad de las lecturas descargadas de cada una de las especies y, a continuación, estas secuencias se procesaron para eliminar las de menor calidad. A continuación, el conjunto de lecturas obtenidas para cada especie fue utilizado para ensamblar, al menos, un transcriptoma para cada especie. Posteriormente, los transcriptomas obtenidos fueron anotados funcionalmente, previa detección de las ORFs presentes en cada transcrito. Una vez se dispuso de todos los transcriptomas anotados se procedió a generar los grupos de genes ortólogos utilizando las herramientas disponibles en la base de datos eggNOG. Se analizó, por último, la relación de ortólogos entre el tomate (S. lycopersicum) y sus parientes salvajes más cercanos (S. pimpinellifolium, S. cheesmaniae, S. galapagense). es_ES
dc.description.abstract [EN] The aim of this degree dissertation is the generation of an orthologous sequences index for wild species related to domesticated tomato; this includes 13 species in the Lycopersicon section, as well as 2 species in the Lycopersicoides section. Previous re-sequencing projects are available for these species, but no genomic assemblies nor annotations have been performed for most of them, so there are no transcipt sequences available. Therefore, our strategy has consisted in a transcriptomic assembly for each species, from RNA sequencing data collected in public sequence repositories. In first place, the quality of the loaded reads was evaluated for each species and, following, these sequences were parsed and trimmed to remove those of lowest quality. Next, the sets of reads were used to assembly, at least, one transcriptome per species. Finally, the obtained transcriptomes were functionally annotated, previously detecting the ORFs present in each transcript. Once we disposed all annotated transcriptomes, we proceeded to generate the orthologous genes clusters by the hierarchy tools available at eggNOG database. Lastly, we analyzed the relationship of orthologs among tomato (S. lycopersicum) and its closest wild relatives (S. pimpinellifolium, S. cheesmaniae, S. galapagense). es_ES
dc.format.extent 70 es_ES
dc.language Español es_ES
dc.publisher Universitat Politècnica de València es_ES
dc.rights Reserva de todos los derechos es_ES
dc.subject Anotación es_ES
dc.subject Ensamblaje es_ES
dc.subject Transcriptomas es_ES
dc.subject Tomate es_ES
dc.subject Ortólogos es_ES
dc.subject Parálogos es_ES
dc.subject Solanum es_ES
dc.subject Annotation es_ES
dc.subject Assembly es_ES
dc.subject Transcriptomes es_ES
dc.subject Tomato es_ES
dc.subject Orthologs es_ES
dc.subject Paralogs es_ES
dc.subject.classification GENETICA es_ES
dc.subject.other Grado en Biotecnología-Grau en Biotecnologia es_ES
dc.title Ensamblaje de transcriptomas y creación de una colección de genes ortólogos en especies silvestres relacionadas con el tomate es_ES
dc.type Proyecto/Trabajo fin de carrera/grado es_ES
dc.rights.accessRights Cerrado es_ES
dc.contributor.affiliation Universitat Politècnica de València. Departamento de Biotecnología - Departament de Biotecnologia es_ES
dc.contributor.affiliation Universitat Politècnica de València. Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural - Escola Tècnica Superior d'Enginyeria Agronòmica i del Medi Natural es_ES
dc.description.bibliographicCitation Mateos Marcos, C. (2020). Ensamblaje de transcriptomas y creación de una colección de genes ortólogos en especies silvestres relacionadas con el tomate. http://hdl.handle.net/10251/150070 es_ES
dc.description.accrualMethod TFGM es_ES
dc.relation.pasarela TFGM\130559 es_ES


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