Empleo del Mapeo Óptico del Genoma para la caracterización citogenética de pacientes infantiles con leucemia linfoblástica aguda tipo B

Abstract

[ES] La leucemia linfoblástica aguda (LLA) es el tipo de cáncer más común en niños y se origina por la transformación maligna de precursores de los linfocitos B y T. Concretamente, la LLA-B es el tipo más frecuente ya que abarca el 80% de los casos. El diagnóstico citogenético es esencial para determinar el riesgo y pronóstico de los pacientes. Las técnicas citogenéticas utilizadas actualmente son el análisis de bandas cromosómicas (CBA, del inglés, Chromosomal Banding Analysis), la hibridación in situ por fluorescencia (FISH, del inglés, Fluorescence in situ Hybridization), los microarrays cromosómicos (CMAs, del inglés, Chromosomal Microarrays), y la amplificación de sondas dependiente de ligación múltiple (MLPA, del inglés, Multiple Ligation-dependent Probe Amplification). Recientemente, se ha introducido en el flujo de trabajo de diagnóstico una nueva técnica en investigación basada en el marcaje de ADN de alto peso molecular mediante etiquetas fluorescentes, que permite identificar en un único análisis las alteraciones citogenéticas del paciente al comparar la posición de las dichas etiquetas con un genoma de referencia. Esta técnica, conocida como Mapeo Óptico del Genoma u OGM (del inglés, Optical Genome Mapping), supera las limitaciones de las técnicas convencionales y permite detectar alteraciones estructurales (SVs, del inglés, Structural variation) y alteraciones en el número de copias (CNVs, del inglés, Copy number variants), así como reordenamientos complejos en una única prueba. El proyecto propuesto, se basa en el empleo del OGM para la caracterización citogenética de pacientes infantiles diagnosticados de leucemia linfoblástica aguda tipo B. Se analizarán muestras de pacientes entre 2 y 14 años remitidos al Hospital Universitario y Politécnico La Fe y se realizará un análisis comparativo entre los resultados obtenidos mediante las técnicas citogenéticas convencionales y los obtenidos por OGM. Concretamente, se compararán los resultados del CBA y FISH con los obtenidos por OGM para determinar la fiabilidad de la técnica y la capacidad de detección de alteraciones clínicamente significativas en el pronóstico de los pacientes infantiles con LLA-B.

[EN] Acute lymphoblastic leukemia (ALL) is the most common type of cancer in children and is caused by the malignant transformation of precursors of B and T lymphocytes. Specifically, B-ALL is the most common type, accounting for 80% of cases. Cytogenetic diagnosis is essential to determine the risk and prognosis of patients. Current cytogenetic techniques include Chromosomal Banding Analysis (CBA), Fluorescence in Situ Hybridization (FISH), Chromosomal Microarrays (CMAs), and Multiple Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA). Recently, a new research technique based on high molecular weight DNA labeling using fluorescent tags has been introduced into the diagnostic workflow, which makes it possible to identify the patient's cytogenetic alterations in a single analysis by comparing the position of the tags with a reference genome. This technique, known as Optical Genome Mapping (OGM), overcomes the limitations of conventional techniques and allows the detection of structural variations (SVs) and copy number variants (CNVs), as well as complex rearrangements in a single test. The proposed project is based on the use of OGM for the cytogenetic characterization of pediatric patients diagnosed with acute lymphoblastic leukemia type B. Samples from patients between 2 and 14 years of age referred to the Hospital Universitario y Politécnico La Fe will be analyzed, and a comparative analysis will be carried out between the results obtained by conventional cytogenetic techniques and those obtained by OGM. Specifically, the results of CBA and FISH will be compared to the results obtained by OGM to determine the reliability of the technique and the ability to detect clinically significant alterations in the prognosis of pediatric patients with B-ALL.