Dog breed assignment using SNP data

Abstract

[ES] Las diferentes razas de perros no solo se caracterizan por rasgos fenotípicos muy distintos, sino que también presentan diferencias considerable en su perfil genético. Aplicamos un conjunto de polimorfismos de nucleótido único (SNP) para preparar el perfil genético de 3093 perros pertenecientes a 151 razas. Utilizando análisis de PCA, pudimos construir conglomerados de razas relativamente compactos y agrupaciones de razas con antecedentes genéticos comunes. Sin embargo, los conglomerados de ciertos grupos de razas no fueron lo suficientemente compactos como para permitir la asignación de muestras desconocidas a una raza específica o combinación de razas. Para resolver este problema, sería necesario considerar un número mayor de marcadores o utilizar herramientas bioinformáticas más potentes. Los genotipos públicamente disponibles para un gran número de animales con información de raza conocida representan un recurso muy valioso para los análisis genéticos globales de las poblaciones de perros.

[EN] Different dog breeds are not only characterized through very different phenotypic traits, they also have considerable differences in their genetic blueprint. We applied a set of single nucleotide polymorphisms (SNP) to prepare the genetic profile of 3093 dogs belonging to 151 dog breeds. Using PCA analysis we were able to build relatively compact breed clusters and clusters of breeds with the common genetic background. However, clusters for certain groups of breeds were not compact enough to allow assignment of unknown samples to a certain breed ar combination of breeds. To solve this problem, either a higher number of markers would have to be considered, or more powerful bioinformatic tools should be used. The publicly available genotypes for a large number of animals with known breed information represent a very valuable resource for global genetic analyses of dog populations.