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Using GPUs for the exact alignment of short-read genetic sequences by means of the Burrows-Wheeler transform

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Using GPUs for the exact alignment of short-read genetic sequences by means of the Burrows-Wheeler transform

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Salavert Torres, J.; Blanquer Espert, I.; Tomás Domínguez, AE.; Hernández García, V.; Medina Castelló, I.; Tárraga Giménez, J.; Dopazo Blazquez, J. (2012). Using GPUs for the exact alignment of short-read genetic sequences by means of the Burrows-Wheeler transform. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 9(4):1245-1256. https://doi.org/10.1109/TCBB.2012.49

Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem: http://hdl.handle.net/10251/35694

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Metadatos del ítem

Título: Using GPUs for the exact alignment of short-read genetic sequences by means of the Burrows-Wheeler transform
Autor: Salavert Torres, José Blanquer Espert, Ignacio Tomás Domínguez, Andrés Enrique Hernández García, Vicente Medina Castelló, Ignacio Tárraga Giménez, Joaquín Dopazo Blazquez, Joaquin
Entidad UPV: Universitat Politècnica de València. Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular - Institut d'Instrumentació per a Imatge Molecular
Universitat Politècnica de València. Departamento de Sistemas Informáticos y Computación - Departament de Sistemes Informàtics i Computació
Fecha difusión:
Resumen:
General Purpose Graphic Processing Units (GPGPUs) constitute an inexpensive resource for computing-intensive applications that could exploit an intrinsic fine-grain parallelism. This paper presents the design and ...[+]
Palabras clave: Burrows-Wheeler Transform , CUDA , GPU , Short-read alignment
Derechos de uso: Cerrado
Fuente:
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. (issn: 1545-5963 ) (eissn: 1557-9964 )
DOI: 10.1109/TCBB.2012.49
Editorial:
Association for Computing Machinery (ACM)
Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE)
Versión del editor: http://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2012.49
Código del Proyecto:
info:eu-repo/grantAgreement/UPV//PAID-06-11-2025/
Agradecimientos:
The authors would like to thank the Universitat Politecnica de Valencia in the frame of the grant "High-performance tools for the alignment of genetic sequences using graphic accelerators/Herramientas de altas prestaciones ...[+]
Tipo: Artículo

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