Control de calidad y validación de la detección de variantes en el gen LDLR mediante secuenciación masiva para diagnóstico genético

Abstract

[EN] Autosomal dominant hypercholesterolemias (ADH) are metabolic disorders characterized by increased plasma levels of total and LDL cholesterol, predisposing to premature atherosclerosis and acute myocardial infarction. Early diagnosis of these genetic disorders is crucial to design prevention and treatment strategies to reduce the risk of developing associated cardiovascular diseases. The aim of this study is the identification and validation of sequence variants, detected by massive sequencing (454 GS Junior), in LDLc receptor gene (LDLR) for ADH diagnosis. For that purpose, a bioinformatics workflow has been developed to detect and filter sequence variants in LDLR gene. To assess its efficiency, LDLR gene was sequenced by pyrosequencing (454 GS Junior) in a group of ADH patients. Then, they were analyzed with the implemented bioinformatics workflow. Results were compared to those from capillary sequencing (Sanger)

[ES] Las hipercolesterolemias autosómicas dominantes (HAD) son desordenes metabólicos caracterizados por niveles elevados de LDLc y colesterol total en sangre que predisponen a la enfermedad cardiovascular y aparición temprana de infarto de miocardio. Estas enfermedades hereditarias son de carácter autosómico dominante, por lo que su diagnóstico temprano es importante con el fin de diseñar estrategias de prevención y tratamiento que puedan reducir el riesgo de aparición de enfermedades cardiovasculares asociadas. El objetivo principal de este trabajo es la identificación y la validación de variantes de secuencia en el gen del receptor de LDLc (LDLR), detectadas a partir de datos de secuenciación masiva obtenidos mediante pirosecuenciación (454 GS Junior), para el diagnóstico de la HAD. Para ello, se ha desarrollado una metodología bioinformática capaz de detectar y filtrar variantes de secuencia en el gen LDLR. Para comprobar su eficacia, se secuenció el gen LDLR en un conjunto de pacientes con HAD mediante pirosecuenciación (454 GS Junior) y, tras su análisis bioinformático con la metodología implementada, se compararon los resultados con los obtenidos mediante secuenciación capilar (Sanger).