Análisis de la expresión alternativa de isoformas en el tiempo mediante datos de RNA-seq

Abstract

[ES] Los avances en tecnologías de secuenciación masiva han dado lugar al desarrollo de la transcriptómica por secuenciación, que permite analizar la expresión de genes e isoformas. El laboratorio de Genómica de la Expresión Génica participa en el proyecto STATegra, en el que se han generado datos de RNA-seq de una serie de diferenciación de células B en ratón que posibilita el análisis de expresión de isoformas. Sin embargo, estos análisis siguen siendo difíciles ya que los problemas de anotación y expresión diferencial de isoformas no están resueltos completamente para estos datos. El objetivo del trabajo es analizar diferentes métodos de cuantificación de isoformas (con eXpress y RSEM) que se anotarán para estudiar diferencias funcionales asociadas a su expresión alternativa. También se estudiará la expresión diferencial de isoformas y se analizarán cambios en la cromatina (medidos también en el proyecto) que se asocien significativamente con los cambios de expresión.

[EN] The innovations in massive sequencing technologies have resulted in the development of sequencing transcriptomics that allows for the analysis of gene and isoform expression. The Genomics of Gene Expression laboratory participates in the STATegra project, in which RNASeq data have been generated for a B cell differentiation system. These data make it possible to study isoform expression and splicing variants, which is very interesting in superior eukaryotic organisms because it is the cause of regulation and transcriptional complexity. However, these analyses are still difficult because the annotation and isoform differential expression problems are not completely solved for these data yet. The objective of this work is to compare different methods for isoform quantification (eXpress and RSEM), analyze differential expression and interpret the results in order to understand the functional differences associated to alternative expression.