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Análisis de la expresión alternativa de isoformas en el tiempo mediante datos de RNA-seq

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Análisis de la expresión alternativa de isoformas en el tiempo mediante datos de RNA-seq

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dc.contributor.advisor Tarazona Campos, Sonia es_ES
dc.contributor.advisor Conesa Cegarra, Ana es_ES
dc.contributor.author Martorell Marugán, Jordi es_ES
dc.date.accessioned 2015-09-04T16:12:35Z
dc.date.available 2015-09-04T16:12:35Z
dc.date.created 2015-07-17
dc.date.issued 2015-09-04 es_ES
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10251/54311
dc.description.abstract [ES] Los avances en tecnologías de secuenciación masiva han dado lugar al desarrollo de la transcriptómica por secuenciación, que permite analizar la expresión de genes e isoformas. El laboratorio de Genómica de la Expresión Génica participa en el proyecto STATegra, en el que se han generado datos de RNA-seq de una serie de diferenciación de células B en ratón que posibilita el análisis de expresión de isoformas. Sin embargo, estos análisis siguen siendo difíciles ya que los problemas de anotación y expresión diferencial de isoformas no están resueltos completamente para estos datos. El objetivo del trabajo es analizar diferentes métodos de cuantificación de isoformas (con eXpress y RSEM) que se anotarán para estudiar diferencias funcionales asociadas a su expresión alternativa. También se estudiará la expresión diferencial de isoformas y se analizarán cambios en la cromatina (medidos también en el proyecto) que se asocien significativamente con los cambios de expresión. es_ES
dc.description.abstract [EN] The innovations in massive sequencing technologies have resulted in the development of sequencing transcriptomics that allows for the analysis of gene and isoform expression. The Genomics of Gene Expression laboratory participates in the STATegra project, in which RNASeq data have been generated for a B cell differentiation system. These data make it possible to study isoform expression and splicing variants, which is very interesting in superior eukaryotic organisms because it is the cause of regulation and transcriptional complexity. However, these analyses are still difficult because the annotation and isoform differential expression problems are not completely solved for these data yet. The objective of this work is to compare different methods for isoform quantification (eXpress and RSEM), analyze differential expression and interpret the results in order to understand the functional differences associated to alternative expression. es_ES
dc.language Español es_ES
dc.rights Reconocimiento - No comercial - Sin obra derivada (by-nc-nd) es_ES
dc.subject RNA-seq es_ES
dc.subject Expresión de isoformas. splicing alternativo es_ES
dc.subject Expresión diferencial es_ES
dc.subject Secuenciación masiva es_ES
dc.subject Bioinformática es_ES
dc.subject Diferenciación de células B es_ES
dc.subject Isoform expression es_ES
dc.subject Alternative splicing es_ES
dc.subject Differential expression es_ES
dc.subject Massive sequencing es_ES
dc.subject Bioinformatics es_ES
dc.subject B cells differentiation es_ES
dc.subject.classification ESTADISTICA E INVESTIGACION OPERATIVA es_ES
dc.subject.other Grado en Biotecnología-Grau en Biotecnologia es_ES
dc.title Análisis de la expresión alternativa de isoformas en el tiempo mediante datos de RNA-seq es_ES
dc.type Proyecto/Trabajo fin de carrera/grado es_ES
dc.rights.accessRights Abierto es_ES
dc.contributor.affiliation Universitat Politècnica de València. Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural - Escola Tècnica Superior d'Enginyeria Agronòmica i del Medi Natural es_ES
dc.contributor.affiliation Universitat Politècnica de València. Departamento de Estadística e Investigación Operativa Aplicadas y Calidad - Departament d'Estadística i Investigació Operativa Aplicades i Qualitat es_ES
dc.description.bibliographicCitation Martorell Marugán, J. (2015). Análisis de la expresión alternativa de isoformas en el tiempo mediante datos de RNA-seq. http://hdl.handle.net/10251/54311. es_ES
dc.description.accrualMethod TFGM es_ES
dc.relation.pasarela TFGM\24587 es_ES


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