Análisis de volumetría en imágenes de resonancia magnética cerebral empleando LONI Pipeline para la cuantificación de las alteraciones estructurales provocadas por el síndrome de Rubinstein-Taybi

Abstract

[ES] El objetivo de este Trabajo Fin de Grado es el desarrollo de flujos de trabajo de preprocesado y análisis de imágenes de resonancia magnética en ratones mediante la herramienta LONI Pipeline, para el estudio cuantitativo de volumetría por materias y regiones cerebrales. LONI Pipeline es una herramienta gratuita que permite realizar flujos de trabajo empleando módulos de las principales herramientas de neuroimagen. Se ha desarrollado el flujo de trabajo de preprocesado común de imágenes, preprocesandolas adecuadamente. Hay un flujo de trabajo para calcular el volumen de las materias y otro para el volumen de regiones cerebrales extraídas de un atlas. En LONI Pipeline se utiliza la versión 8 de la herramienta de neuroimagen SPMmouse para la segmentación cerebral en ratones, que está en fase beta y la segmentación no es correcta. A falta de solucionar este problema, los flujos de trabajo están preparados para utilizarse.

[CA] L'objectiu d'aquest Treball Fi de Grau és el desenrotllament de fluxos de treball de preprocessat i anàlisi d'imatges de ressonància magnètica en ratolins, per mitjà de la ferramenta LONI Pipeline, per a l'estudi quantitatiu de volumetria per matèries i regions cerebrals. LONI Pipeline és una ferramenta gratuïta que permet realitzar fluxos de treball emprant mòduls de les principals ferramentes de neuroimatge. S'ha desenrotllat el flux de treball de preprocessat comú d'imatges, preprocesandoles adecuadament. El flux de treball de volumetria de matèries és capaç de binaritzar les imatges i calcular el volum de cada teixit. La segmentació de matèries i la volumetria de regions s'ha adaptat parcialment. La ferramenta spmmouse per a SPM8 que modifica l'algoritme segment per a poder utilitzar-lo en ratolins a hores d'ara està en fase beta i no segmenta correctament les imatges. A falta de solució d’aquest problema, els fluxos de treball estan preparats per a utilitzar-se.

[EN] The objective of this final degree project is to develop workflows for pre-processing and analysing magnetic resonance images in mice using the LONI Pipeline system for quantitative volumetric analysis of brain matter and brain regions. LONI Pipeline is a free system whichmakes it possible to create workflows using modules from the main neuroimaging toolboxes. The common image pre-processing workflow has been developed, obtaining satisfactory images prepared for volumetric analysis. The volumetric matter analysis workflow can binarize images and calculate the volume of each tissue. Segmentation of matter and volumetric analysis of regions have been partially adapted. The SPMMouse toolbox for SPM8, which modifies the segment algorithm so that it can be used for mouse brain segmentation, is currently in the beta phase and does not segment images correctly. Apart from solving this problem, the workflows are ready for use.