Diseño e implementación de un analizador de biosecuencias: Análisis de la elongación en horquilla

Abstract

[ES] Mediante este proyecto se plantea el diseño de un analizador de biosecuencias centrado en el análisis de la elongación en horquilla (hairpin lengthening), una operación natural sobre lenguajes formales inspirada en fenómenos de biología molecular consistente en elongar la palabra que forma la horquilla, preservando la estructura, sin tener que completarla necesariamente y basándose en la distancia de elongación de la horquilla. Para ello se ha trasladado el problema al ámbito de la teoría de lenguajes, cuya traducción se realiza de forma directa y sencilla, y se han aplicado distintas estrategias de programación, entre las que se encuentran programación dinámica y algoritmos voraces. Además, se lleva a cabo su implementación en el lenguaje de programación Java para asegurar su portabilidad, incluyendo un interfaz gráfico para facilitar su uso.

[EN] Through this Project the desing of a biosequence analyzer is proposed, focused on the hairpin lenghtening analysis, a natural operation on formal languages which has been inspired by molecular biology that concerns the lenghtening of the word that forms a hairpin, preserving the structure, without necessarily completing the hairpin and based on the hairpin lengthening distance. In order to fulfill this task, the problem has been moved to the language theory scope, wich translation can be done in a direct and simple way. Different programming strategies has been applied in order to solve the problem, among them dynamic programming and greedy algorithm strategy. Also, the biosequence analyzer previosly designed has been implemented using Java programming language to achieve its portability, including a graphical user interface to ease its use

[CA] Mitjançant aquest projecte, es planteja el disseny d'un analitzador de bioseqüències centrat en l'anàlisi de l'elongació en forqueta (hairpin lengthening), una operació natural sobre llenguatges formals inspirada en fenòmens de biologia molecular consistent a perllongar la paraula que forma la forqueta, preservant-ne l'estructura, sense haver de completar-la necessàriament i basant-se en la distància d'elongació de forqueta. Amb aquesta finalitat, s'ha traslladat el problema a l'àmbit de la teoria de llenguatges la traducció del qual es realitza de forma directa i senzilla, i s'han aplicat distintes estratègies de programació entre les quals es troben programació dinàmica i algoritmes voraços. A més a més, es du a terme la implementació en el llenguatge de programació Java per a assegurar la seua portabilitat amb la inclusió d’una interfície gràfica que en facilite l’ús.