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Capturing RNA-Binding Proteins in Neuroblastoma Cell Lines

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Capturing RNA-Binding Proteins in Neuroblastoma Cell Lines

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dc.contributor.advisor Tortajada Genaro, Luis Antonio es_ES
dc.contributor.advisor Eirich, Jürgen es_ES
dc.contributor.author Sancho Olmos, Ainhoa es_ES
dc.date.accessioned 2018-09-18T08:20:19Z
dc.date.available 2018-09-18T08:20:19Z
dc.date.created 2018-07-19
dc.date.issued 2018-09-18 es_ES
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10251/107597
dc.description.abstract [ES] El neuroblastoma representa el tumor sólido extracraneal más común en la infancia, que surge de los elementos de la cresta neural en el sistema nervioso simpático en desarrollo. La mayoría de los neuroblastomas malignos portan amplificación del gen MYCN, que codifica el factor de transcripción N-MYC, un factor central oncogénico asociado con la regulación positiva del crecimiento tumoral en neuroblastoma. Inhibidores que actúan sobre proteínas conteniendo el bromodominio BET han sido identificados como represores transcripcionales de MYCN, como iBET y JQ1, pudiendo suprimir la progresión del cáncer. Sin embargo, se sabe que varios tipos de cáncer responden de manera espectacular a estos inhibidores BET donde no se identificaron marcadores genéticos. Como resultado, encontrar biomarcadores proteínicos en lugar de genéticos representaría un avance importante en el estudio del neuroblastoma. En este trabajo, se capturó el proteoma de unión a ARN (o interactoma de ARN) de dos líneas celulares de neuroblastoma, SH-SY5Y, una línea celular de tipo wildtype sin amplificación del gen MYCN y BE(2)- C, presentando amplificación de MYCN, en ambos casos apoyándonos en la química click. Esta estrategia se basa en la incorporación del nucleósido no natural 5-etiniluridina (5EU) en el ARN naciente y el empleo de la química click para capturar las proteínas de unión al ARN. Éstas se analizaron mediante un análisis de espectrometría de masas (MS) pudiendo identificarse un total de 504 proteínas de unión al ARN estrechamente relacionados con el desarrollo y la progresión de la tumorigénesis en el neuroblastoma. Posteriormente, ambas líneas celulares se trataron con JQ1 con el fin de estudiar los cambios en la expresión génica de las proteínas de unión al ARN antes y después del tratamiento, obteniéndose las principales rutas celulares que son reguladas por JQ1 en ambas líneas celulares. Como resultado, después del tratamiento con JQ1, se obtuvo una disminución de la capacidad de proliferación celular tanto en las células MYCN-wildtype como en aquellas con amplificación del gen MYCN siendo JQ1 más eficaz en ésta última línea celular (BE (2)- C). Asu vez, se logró capturar 8 proteínas de unión al ARN que se encontraban sobre-expresadas en ambas líneas celulares bajo el tratamiento con JQ1: RPS5, HNRPDL, RPLP0, EEF1A2, RBMX, SARNP, RPL31, FARSB. Donde tres de ellas fueron identificadas previamente por Wang et al. (2018) como proteínas estrechamente relacionadas con el cáncer, dejando 5 proteínas para una posterior investigación como posibles nuevos candidatos de biomarcadores pronósticos: RPL31 (proteína ribosomal L31), HNRPDL (ribonucleoproteína nuclear heterogénea tipo D), FARSB (fenilalanil-ARNt sintetasa), SARNP (dominio SAP que contiene ribonucleoproteína) y RBMX (proteína de motivo de unión de ARN). es_ES
dc.description.abstract [EN] Neuroblastoma represents the most common extracranial solid tumor in childhood, arising from neural crest elements in the developing sympathetic nervous system. Most malignant neuroblastomas carry an amplification of the MYCN gene, encoding the transcription factor NMYC, a central oncogenic driver in neuroblastoma associated with upregulation of tumor growth. BET bromodomain inhibitors have been identified as transcriptional repressors of MYCN, such as i-BET and JQ1, being able to suppress cancer progression. Nevertheless, several cancers are known to respond dramatically to BET bromodomain inhibitors where genetic markers were not identified. As a result, searching for protein biomarkers rather than genetic ones seems to be a valuable approach. In this work the RNA-binding proteome (or RNA interactome) of two neuroblastoma cell lines, SH-SY5Y, a MYCN-wildtype cell line and BE(2)-C bearing a MYCN amplification, was captured using click chemistry. This strategy is based on incorporating the unnatural nucleoside 5-ethynyluridine (5EU) by metabolic labeling of nascent RNA and click chemistry for capturing the RNA-binding proteins. RNA interactomes were analyzed by Mass spectrometry (MS) analysis identifying a total of 504 RNA-binding proteins closely related with development and progression of tumorigenesis in neuroblastoma. Gene expression changes of RNA-binding proteins after JQ1 treatment were studied obtaining the principal up- and downregulated pathways by JQ1 in both neuroblastoma cell lines. Sustainably decreased capacity of cell proliferation was obtained in both MYCN-wildtype and MYCN-amplified neuroblastoma cells after treating with JQ1, being more effective in BE(2)-C cell line. It was possible to enrich for 8 common RNA-binding proteins exerted when both cell lines were treated: RPS5, HNRPDL, RPLP0, EEF1A2, RBMX, SARNP, RPL31, FARSB. Where three of them were previously identified as cancer-related RNA-binding proteins by Wang et al. (2018), leaving 5 for further investigation as potential new candidates for prognostic biomarkers: RPL31 (Ribosomal protein L31), HNRPDL (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D-like), FARSB (phenylalanyl-tRNA synthetase), SARNP (SAP domain containing ribonucleoprotein) and RBMX (RNA binding motif protein). es_ES
dc.format.extent 47 es_ES
dc.language Español es_ES
dc.publisher Universitat Politècnica de València es_ES
dc.rights Reserva de todos los derechos es_ES
dc.subject Cancer proteomics es_ES
dc.subject Mass spectrometry es_ES
dc.subject Click chemistry es_ES
dc.subject JQ1 inhibitor es_ES
dc.subject BET-bromodomain inhibitors es_ES
dc.subject RNA-binding proteins es_ES
dc.subject Proteómica del cáncer es_ES
dc.subject Espectrometría de masas es_ES
dc.subject 5-etiniluridina (5EU) es_ES
dc.subject Química click es_ES
dc.subject Inhibidor JQ1 es_ES
dc.subject Inhibidores del bromodominio BET es_ES
dc.subject Proteínas de unión al ARN es_ES
dc.subject MYCN es_ES
dc.subject ARN es_ES
dc.subject Neuroblastoma es_ES
dc.subject.classification QUIMICA ANALITICA es_ES
dc.subject.other Grado en Biotecnología-Grau en Biotecnologia es_ES
dc.title Capturing RNA-Binding Proteins in Neuroblastoma Cell Lines es_ES
dc.type Proyecto/Trabajo fin de carrera/grado es_ES
dc.rights.accessRights Cerrado es_ES
dc.contributor.affiliation Universitat Politècnica de València. Departamento de Química - Departament de Química es_ES
dc.contributor.affiliation Universitat Politècnica de València. Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural - Escola Tècnica Superior d'Enginyeria Agronòmica i del Medi Natural es_ES
dc.description.bibliographicCitation Sancho Olmos, A. (2018). Capturing RNA-Binding Proteins in Neuroblastoma Cell Lines. http://hdl.handle.net/10251/107597 es_ES
dc.description.accrualMethod TFGM es_ES
dc.relation.pasarela TFGM\91395 es_ES


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