Optimización en la preparación de librerías para secuenciación masiva mediante amplicones: Estudio de bases genéticas de diabetes tipo 2

Abstract

[ES] La diabetes mellitus tipo 2 es una patología multifactorial, debida tanto a factores ambientales como genéticos y a su interacción. Para establecer parte de la base genética de esta enfermedad, se analizan 9 genes (regiones exómicas, incluyendo regiones intrónicas contiguas, y promotoras) y 81 regiones que contienen polimorfismos de una sola base (PSBs). En ambos casos, tanto los genes como los PSBs analizados han sido asociados con DM2 por el grupo de investigación UGD. El estudio abarca a una población de 14.000 muestras y se realiza en base a dos paneles desarrollados con características diferentes debido a su diseño. Por ello, es necesario optimizar las condiciones de generación de librerías para que las coberturas sean homogéneas, e idealmente poder analizarlas conjuntamente. Tras el proceso de optimización con distintos aditivos y concentraciones de estos y variaciones en la amplificación, se observan condiciones bastante óptimas para el panel diseñado en este trabajo (Panel 1), ya que permite el estudio del 85% de los fragmentos, aunque no del 90% que era el objetivo inicial. En cuanto al panel 2, los resultados muestran que no es válido para la enzima en condiciones estándar ni con aditivos, de manera que habría que estudiar si es mejor rediseñar el segundo panel o seguir con el proceso de optimización con otra enzima o aditivos, por todo ello, el panel 1+2 tampoco muestra resultados satisfactorios, con lo que no se podría realizar el estudio conjuntamente.

[EN] Type 2 Diabetes mellitus is a multifactor pathology, due to both environmental and genetic factors and their interaction. To establish part of the genetic basis of this disease, 9 genes (exomic regions, including contiguous intronic regions, and promoters) and 81 regions containing SNPs will be analyzed. In both cases, the analyzed genes and the SNPs have been associated with DM2 by GDU research group. The study includes a population of 14,000 samples and will be based on two panels developed with different characteristics due to their design. Therefore, it is necessary to optimize the conditions for library generation so that coverage is homogeneous, and ideally to be able to analyze them together. After the optimization process with different additives and concentrations as well as PCR variations, admissible conditions are observed for the panel designed in this project (Panel 1), since it allows the study of 85% of the fragments, even though is not 90% as the initial aim. Regarding panel 2, results show that is not valid for the enzyme in standard conditions neither with additives, so it should be studied if it is better to redesign the second panel or keep going with the optimization process with other enzymes or additives. Due to this, panel 1+2 does neither show good results, so the study could not be done together