Microbioma de amebas de vida libre (FLA) presentes en alimentos orgánicos: ¿potencial riesgo para la Salud Pública?

Abstract

[ES] Actualmente, existe un interés creciente en la producción agrícola orgánica en todo el mundo, en busca de la sostenibilidad y la mejora de la salud pública. Sin embargo, existe un vacío de conocimiento sobre algunos aspectos de la calidad y seguridad microbiológica de los alimentos ecológicos. Es por ello, que este Trabajo Final de Grado se centrará en el estudio y determinación del microbioma de las amebas de vida libre (FLA) presentes en alimentos orgánicos. Dado que potencialmente las FLA pueden ser un vehículo de transmisión de patógenos humanos, se prestará especial atención en estos. Para ello, se adquirirán muestras de lechugas, espinacas y fresas procedentes de comercios locales. Tras su procesamiento, se analizará la presencia de FLA en los alimentos por visualización en microscopio, y posteriormente se extraerá el DNA para ser secuenciado mediante el sistema Illumina MiSeq. Se procederá a realizar un análisis bioinformático con el objetivo de determinar mediante metagenómica de secuenciación dirigida, la composición taxonómica del microbioma de las amebas aisladas.

[EN] Currently, there is a growing interest in organic agricultural production around the world, in search of sustainability and improved public health. However, there is a lack of knowledge about some aspects of the microbiological quality and safety of organic food. Therefore, this Final Degree Project will focus on the study and determination of the microbiome of free-living amoebae (FLA) present in organic food. Given that FLA can potentially be a vehicle for the transmission of human pathogens, special attention will be paid to them. For this purpose, samples of lettuce, spinach and strawberries will be acquired from local shops. After processing, the presence of FLA in the food will be analysed by microscopic visualisation, followed by DNA extraction for sequencing using the Illumina MiSeq system. A bioinformatics analysis will be carried out to determine the taxonomic composition of the microbiome of the isolated amoebae by targeted sequencing metagenomics.