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Análisis de modificaciones postranscripcionales de RNA en Cucumis sativus bajo condiciones de infección por viroide

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Análisis de modificaciones postranscripcionales de RNA en Cucumis sativus bajo condiciones de infección por viroide

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dc.contributor.advisor Forment Millet, José Javier es_ES
dc.contributor.advisor Márquez Molins, Joan es_ES
dc.contributor.advisor Villalba Bermell, Pascual es_ES
dc.contributor.author López Saiz, Pablo es_ES
dc.date.accessioned 2021-10-08T14:04:11Z
dc.date.available 2021-10-08T14:04:11Z
dc.date.created 2021-09-22
dc.date.issued 2021-10-08 es_ES
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10251/174276
dc.description.abstract [ES] Las modificaciones postranscripcionales de las bases del RNA están muy extendidas en los eucariotas y se han relacionado con la maduración, la estabilidad y ciertas interacciones. Sin embargo, el estudio de estas modificaciones de manera global es aún incipiente y no se conoce con certeza el papel que podrían desempeñar en la respuesta a estrés en plantas. Por tanto, el objetivo de este trabajo consiste en inferir modificaciones de RNA diferenciales en plantas bajo infección de por un patógeno, hop stunt viroid (HSVd). Se ha utilizado una estrategia computacional basada en High-throughput Annotation of Modified Ribonucleotides (HAMR), una herramienta de predicción basada en el patrón de incorporación diferencial en la transcripción reversa de ribonucleótidos con modificaciones químicas. Para ello se compararon los resultados de HAMR para el análisis diferencial con el fin de encontrar potenciales modificaciones de RNA. Previo al análisis con HAMR, a las secuencias se les debió eliminar los adaptadores empleados en la secuenciación y se filtraron por calidad de secuenciación usando el software Trimmomatic. Además, para poder ejecutar el programa se necesitaron los resultados del mapeo de cada librería de secuencias frente al genoma de referencia de la variedad Chinese long por lo que se empleó el software STAR. El resultado de este mapeo sirvió para la ejecución de HAMR y poder realizar el análisis de las posibles modificaciones postranscripcionales. es_ES
dc.description.abstract [EN] Post-transcriptional modifications of RNA bases are widespread in eukaryotes and have been linked to maturation, stability, and certain interactions. However, the global study of these modifications is still in its infancy and therefore the role that these modifications might play in the stress response of plants is not well understood yet. Therefore, the aim of this work is to infer differential RNA modifications in plants under infection by a pathogen, hop stunt viroid (HSVd). A computational strategy based on High-throughput Annotation of Modified Ribonucleotides (HAMR), a prediction tool based on the differential incorporation pattern in reverse transcription of chemically modified ribonucleotides, was used. For this purpose, HAMR results for differential analysis were compared to find potential RNA modifications. Prior to HAMR analysis, the adapters were removed from the raw sequences and these were filtered by sequencing quality using Trimmomatic software. In addition, in order to run the program, the results of the mapping of each sequence library against the reference genome of the Chinese long variety using STAR software were required. The result of this mapping was used for the execution of HAMR in order to carry out the analysis of the possible post-transcriptional modifications. es_ES
dc.format.extent 38 es_ES
dc.language Español es_ES
dc.publisher Universitat Politècnica de València es_ES
dc.rights Reserva de todos los derechos es_ES
dc.subject Bioinformática es_ES
dc.subject Modificaciones postranscripcionales es_ES
dc.subject HAMR es_ES
dc.subject HSVd es_ES
dc.subject RNA es_ES
dc.subject Cucumis sativus es_ES
dc.subject Bioinformatics es_ES
dc.subject Post-transcriptional modifications es_ES
dc.subject.classification BIOQUIMICA Y BIOLOGIA MOLECULAR es_ES
dc.subject.other Grado en Biotecnología-Grau en Biotecnologia es_ES
dc.title Análisis de modificaciones postranscripcionales de RNA en Cucumis sativus bajo condiciones de infección por viroide es_ES
dc.type Proyecto/Trabajo fin de carrera/grado es_ES
dc.rights.accessRights Cerrado es_ES
dc.contributor.affiliation Universitat Politècnica de València. Departamento de Biotecnología - Departament de Biotecnologia es_ES
dc.contributor.affiliation Universitat Politècnica de València. Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural - Escola Tècnica Superior d'Enginyeria Agronòmica i del Medi Natural es_ES
dc.description.bibliographicCitation López Saiz, P. (2021). Análisis de modificaciones postranscripcionales de RNA en Cucumis sativus bajo condiciones de infección por viroide. Universitat Politècnica de València. http://hdl.handle.net/10251/174276 es_ES
dc.description.accrualMethod TFGM es_ES
dc.relation.pasarela TFGM\144155 es_ES


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