Análisis de modificaciones postranscripcionales de RNA en Cucumis sativus bajo condiciones de infección por viroide

Abstract

[ES] Las modificaciones postranscripcionales de las bases del RNA están muy extendidas en los eucariotas y se han relacionado con la maduración, la estabilidad y ciertas interacciones. Sin embargo, el estudio de estas modificaciones de manera global es aún incipiente y no se conoce con certeza el papel que podrían desempeñar en la respuesta a estrés en plantas.

Por tanto, el objetivo de este trabajo consiste en inferir modificaciones de RNA diferenciales en plantas bajo infección de por un patógeno, hop stunt viroid (HSVd). Se ha utilizado una estrategia computacional basada en High-throughput Annotation of Modified Ribonucleotides (HAMR), una herramienta de predicción basada en el patrón de incorporación diferencial en la transcripción reversa de ribonucleótidos con modificaciones químicas.

Para ello se compararon los resultados de HAMR para el análisis diferencial con el fin de encontrar potenciales modificaciones de RNA. Previo al análisis con HAMR, a las secuencias se les debió eliminar los adaptadores empleados en la secuenciación y se filtraron por calidad de secuenciación usando el software Trimmomatic. Además, para poder ejecutar el programa se necesitaron los resultados del mapeo de cada librería de secuencias frente al genoma de referencia de la variedad Chinese long por lo que se empleó el software STAR. El resultado de este mapeo sirvió para la ejecución de HAMR y poder realizar el análisis de las posibles modificaciones postranscripcionales.

[EN] Post-transcriptional modifications of RNA bases are widespread in eukaryotes and have been linked to maturation, stability, and certain interactions. However, the global study of these modifications is still in its infancy and therefore the role that these modifications might play in the stress response of plants is not well understood yet.

Therefore, the aim of this work is to infer differential RNA modifications in plants under infection by a pathogen, hop stunt viroid (HSVd). A computational strategy based on High-throughput Annotation of Modified Ribonucleotides (HAMR), a prediction tool based on the differential incorporation pattern in reverse transcription of chemically modified ribonucleotides, was used.

For this purpose, HAMR results for differential analysis were compared to find potential RNA modifications. Prior to HAMR analysis, the adapters were removed from the raw sequences and these were filtered by sequencing quality using Trimmomatic software. In addition, in order to run the program, the results of the mapping of each sequence library against the reference genome of the Chinese long variety using STAR software were required. The result of this mapping was used for the execution of HAMR in order to carry out the analysis of the possible post-transcriptional modifications.