Detección de células de Helicobacter pylori viables procedentes de heces mediante métodos moleculares y cultivo

Abstract

[ES] Helicobacter pylori es una bacteria gram negativa, microaerófila y oxidasa y catalasa positiva. Es un patógeno gástrico presente en la mitad de la población mundial. Es además causante de la gastritis y la úlcera péptica, y está clasificada como carcinógeno de clase I por la OMS (Organización Mundial de la Salud). La detección clínica actualmente se basa en el cultivo de H. pylori a partir de una biopsia de estómago, siendo ésta práctica invasiva debido a la necesidad de llevar a cabo una endoscopia. También se han desarrollado técnicas no invasivas como son el UBT (urea breath test), la serología, y el análisis de heces, saliva y orina, pero la primera de ellas es muy cara y con la segunda se obtienen bastantes falsos positivos. Es por ello que el objetivo principal de este trabajo ha sido la aplicación de técnicas moleculares como qPCR, FISH y DVC-FISH combinadas con la detección clásica por cultivo para la detección de H. pylori procedente de heces de pacientes enfermos, para poder así detectar su presencia o ausencia así como su viabilidad. La detección clásica por cultivo no resultó satisfactoria para la detección de H. pylori a partir de heces debido al estado de H. pylori tras haber recorrido el tracto gastrointestinal (estando sometida a estrés) y a varios inhibidores de su crecimiento presentes en las heces, pudiendo pasar la bacteria de estado cultivable a estado viable no cultivable (VBNC). La qPCR tampoco fue efectiva, ya que los resultados positivos no fueron reproducibles debido a la presencia de inhibidores en las heces y a la baja concentración de H. pylori en las mismas. Finalmente, mediante las técnicas FISH y DVC-FISH se consiguió detectar H. pylori en todos los pacientes analizados, tanto a partir de las muestras directas como enriquecidas. Esta técnica supone, así, un método efectivo, alternativo al cultivo, no invasivo y económico, que requiere un tiempo corto de procesado (de 2 a 3 días), por lo que puede resultar interesante su aplicación de forma rutinaria para el análisis de pacientes con posible infección por Helicobacter pylori.

[EN] Helicobacter pylori is a gram negative, microaerophilic and oxidase and catalase positive bacterium. It is a gastric pathogen present in half of the world population. It also causes gastritis and peptic ulcer, and is classified as class I carcinogen by WHO (World Health Organization). Clinical detection is currently based on the cultivation of H. pylori from the stomach biopsy, being this practice invasive due to the necessity of performing an endoscopy. It has been also developed non-invasive techniques such as the UBT (urea breath test), serology, and analysis of feces, saliva and urine, but the first one is very expensive and with the second one a lot of false positives are obtained. That is why the main goal of this work has been the application of molecular techniques such as qPCR, FISH and DVC-FISH combined with classical detection by culture for the detection of H. pylori from faeces of patients, in order to detect their presence or absence and their viability. Classical detection by culture was not satisfactory for the detection of H. pylori from faeces due to H. pylori state after traveling the gastrointestinal tract (being under stress) and due to several growth inhibitors present in feces, changing her culturable state to a viable but non-culturable state (VBNC). The qPCR was not effective, since positive results were not reproducible due to the presence of inhibitors in the feces and the low concentration of H. pylori in them. Finally, by the FISH and DVC-FISH techniques we were able to detect H. pylori in all patients analyzed, both from direct and enriched samples. That’s why this technique implies an effective, alternative to the culture, non-invasive and inexpensive method, which requires a short processing time (2 to 3 days), so that its implementation can be interesting for routinely testing patients with possible infection by Helicobacter pylori.